辦公室（正處級）
法規處（正處級）
監管通關處（正處級）
審單處（正處級）
關稅處（正處級）
綜合統計處（正處級）
加工貿易監管處（正處級）
稽查處（正處級）
風險管理處（正處級）
企業管理處（正處級）
關務保障處（正處級）
政治部（正處級）
離退休幹部辦公室（正處級）
財務處（正處級）
技術處（正處級）
監察室（正處級）
督察內審處（正處級） 黃埔老港海關（正處級）
黃埔新港海關（正處級）
東莞海關（正處級）
太平海關（正處級）
新塘海關（正處級）
新沙海關（正處級） 駐廣州經濟技術開發區辦事處（廣州保稅區海關）（正處級）
駐鳳崗辦事處（正處級）
駐長安辦事處（正處級）
駐常平辦事處（正處級）
駐沙田辦事處（正處級） 機關服務中心（事業單位）
數據分中心（事業單位） （副廳級）
辦公室
技術處
偵查處
查私處
法制壹處
法制二處
情報技術處
督察處
刑事技術處
海上緝私處
駐廣州經濟技術開發區辦事處緝私分局
黃埔老港海關緝私分局
黃埔新港海關緝私分局
東莞海關緝私分局
太平海關緝私分局
新塘海關緝私分局
新沙海關緝私分局
駐鳳崗辦事處緝私分局
駐長安辦事處緝私分局