從2013年7月6日開始，賀州市全面排查汙染源，派出聯合執法隊拉電關停汙染水域上遊全部企業，並對沿河段汙染源展開拉網式大排查。截至2013年7月6日20時，***檢查並斷電112家企業，對50家可疑企業進行取樣。
對於此次事件原因，賀州市政府通報稱，基本查找到了汙染源，總體態勢可控。賀州市副市長閉海東說，汙染源基本確定為賀江馬尾河段沿岸企業，當前仍在逐家排查。
賀州市具有錳礦、稀土、鎢礦等資源，***生鎘、鉈等金屬。長期以來，當地壹些規模較小的礦企環保設施達不到要求，在選礦、洗礦過程中造成未經任何處理的廢水外溢，有的還涉嫌偷排廢水廢渣，給江河、植被帶來汙染。地方監管部門曾清理整頓過，半年前賀州市開展了“清潔江河”整治行動，斷電關停了部分小企業，但後來又“死灰復燃”，部分企業還偽裝成民房，私自拉電開工，夜晚偷排。
相關專家稱，此次排查發現，部分企業雖然已經“人走廠停”，但流出來的汙水中仍重金屬超標。