根據國務院法制辦的主要職責，國務院法制辦公室依法設8個職能司局（正廳級）：
秘書行政司（研究司）
負責機關的文秘、機要、檔案、信訪、保密、保衛工 作，擬訂國務院年度立法工作安排，負責各司之間業務協 調工作，研究國務院的法制工作和國家法制建設中的重要 問題，組織學術交流，負責機關的人事、勞動工資、幹部培訓及部分後勤行政工作。
政法勞動社會保障法制司
具體承辦政法、人事、勞動和社會保障、外事、軍事、 民族、宗教等方面的法制工作，聯系公安、安全、監察、民 政、司法、人事、勞動和社會保障、外交、國防、民族。宗 教、僑務、香港特別行政區及澳門和臺灣事務、外國專家等部門。
教育科技文化衛生法制司
具體承辦教育、科技、文化、衛生、體育和知識產權 等方面的法制工作，聯系教育、科技、文化、衛生、計劃生育、 廣播影視、體育、新聞出版、知識產權、藥品監督、文物、中醫藥等部門。
財政金融法制司
具體承辦發展計劃、財政、稅收、金融、證券、保險、 海關等方面的法制工作，聯系發展計劃、財政、銀行、審 計、稅務、海關、統計、證券管理、外匯、糧食儲備、出入境檢驗檢疫等部門。
工交商事法制司
具體承辦工交商事等方面的法制工作，聯系經貿、外經貿、鐵道、交通、信息產業、 國防科工、民航、工商、旅遊、質量技術監督、內貿、煤炭、機械、冶金、有色金屬、石化、 輕工、紡織、建材、煙草、郵政等部門。
農業資源環保法制司
具體承辦農林、資源、環保、城建等方面的法制工作， 聯系農業、國土資源、林業、建設、水利、環保、海洋、測繪、氣象、地震等部門。
政府法制協調司（法規編纂司）
研究行政訴訟、行政復議、行政賠償、行政處罰、行 政許可、行政收費、行政執行等涉及政府行為***同規範的 法律、行政法規實施中的問題，起草配套行政法規、文件 和答復意見；研究行政執法責任制度和評議考核制度等行 政執法中帶有普遍性的問題，提出完善法律、行政法規和行政執法監督制度的意見；承辦協調部門之間在有關法律、 行政法規實施中的矛盾和爭議工作；辦理地方性法規、地 方人民政府規章和國務院各部門規章的備案審查工作，審 查其同憲法、法律、行政法規是否抵觸以及它們相互之間 是否矛盾，根據不同情況提出處理意見。負責清理、編纂 行政法規，提出行政法規廢止、失效和修改意見，維護行 政法規相互之間的協調、統壹；編輯國家出版的法律、行 政法規匯編正式版本。
法規譯審和外事司
主要承辦國家出版的行政法規外文文本和民族語言文 本的翻譯、審定工作，同時負責組織、承辦有關國際合作與交流事宜，辦理外事行政工作。
機關黨委。負責機關和直屬事業單位的黨群工作，辦事機構設在秘書行政司。