制定《辦法》是健全政府采購制度的需要。涉密采購是壹種特殊的政府采購，由於其涉及國家秘密，對采購人、采購代理機構、評審人員、供應商等采購活動參與者的管理，以及采購程序、信息披露等方面的要求都與普通的政府采購有所不同。《辦法》出臺前，涉密政府采購管理制度在國家層面尚屬空白，沒有統壹的規範可以遵循。實踐中，壹些采購單位以“涉密”為由規避政府采購或者集中采購的現象時有發生，同時也有壹些涉密采購項目因保密管理不嚴存在泄密隱患的情況，無法實現對涉密政府采購項目的有效規範和管理。
制定《辦法》是細化保密法及其實施條例原則規定的需要。保密法第二十九條規定：“機關、單位公開發布信息以及對涉及國家秘密的工程、貨物、服務進行采購時，應當遵守保密規定。”保密法實施條例第二十六條規定：“政府采購監督管理部門、保密行政管理部門應當依法加強對涉及國家秘密的工程、貨物和服務采購的監督管理。”這些原則規定需要通過具體辦法予以落實和細化，為開展涉密政府采購管理工作提供制度依據。
制定《辦法》是落實“放管服”改革要求和保密依法行政的需要。此前，涉密政府采購實行保密部門確認涉密項目、財政部門審批采購方式的管理模式。這種管理模式對規範機關單位涉密采購活動起到了積極作用，但也存在著法律依據不足和缺少事中、事後監管的問題。按照國務院“放管服”改革精神和保密工作依法行政要求，2018年，國家保密局印發通知，停止對涉密工程、貨物、服務的審查確認工作，將職權交給采購人，同時將涉密工程（項目）納入保密檢查範圍。新的管理模式需要制定《辦法》，對如何更好地發揮采購人的主體作用，切實加強對涉密政府采購項目的事中、事後監管，予以明確和規範。
如何避免涉密政府采購項目在實踐中被濫用
為避免采購人以“涉密”為由規避競爭程序，出現暗箱操作等問題，《辦法》對涉密政府采購項目確定作出嚴格規定。
嚴格限定範圍。《辦法》對涉密政府采購項目的確定範圍作出了嚴格限定：壹是根據采購法、保密法有關規定，《辦法》從采購主體、資金性質和采購對象3個方面對涉密政府采購項目的定義進行限定。在采購對象方面規定，只有“因采購對象、渠道、用途等涉及國家秘密，必須在采購過程中控制國家秘密的知悉範圍，需要采取保密措施”的，簡言之，只有項目采購和實施過程中必須允許供應商接觸、知悉國家秘密的，才能確定為涉密政府采購項目。二是經廣泛調研和征求意見，結合有關規範性文件規定，分別對涉及工程、貨物和服務的政府采購項目進行了列舉。三是明確提出“最小化原則”，要求對國家秘密信息作出隱蔽處理後可以通過公開方式進行采購的，不得確定為涉密采購項目；涉密項目的涉密部分與非涉密部分能夠拆分的，只能將涉密部分確定為涉密政府采購項目。