杭州市文海教育集團隸屬於開發區管委會社會發展局。集團淡化集團內兩所獨立法人資格學校的主體資格地位，依據集團內現實際擁有文海小學、文海中學、學林小學等三個校區的現狀實行人、財、物、事的集中統壹管理。
集團采用“條塊結合、兩級管理、條重領導、塊重管理”的管理模式。
集團總校為集團的決策與管理機構，集團設總校校長壹名，副總校長五名（其中常務副校長壹名）。集團實行校長負責制，總校校長為杭州市文海實驗學校與杭州經濟技術開發區學林街小學的法定代表人，負責集團全面工作；總校常務副校長主持集團日常工作，其他副校長分工管理相應工作。
總校下設集團辦公室、德育管理中心、教學管理中心、科研師訓中心、師生服務中心等管理機構。壹辦四中心設主任、副主任壹至三名。在總校校長及分管副校長的領導下，對集團及各成員校有關業務進行領導與管理。
集團建立健全黨、工、團、婦、少等各黨群組織，集團黨總支、教育工會、團總支、婦工委、少先隊等黨群組織在白楊街道黨工委的領導下開展工作，充分凝聚集團各方力量為打造文海教育品牌盡心盡責。
集團建立教職工代表大會制度和師生權益申訴制度，完善集團民主管理，提升文海教育管理品質。
集團設立集團成員校，總校成員校隸屬集團管理。分別稱為杭州市文海教育集團文海小學、杭州市文海教育集團文海中學、杭州市文海教育集團學林小學。分校校長主要負責學校的教育教學管理工作，其工作對總校校長負責。分校的內設機構有校辦、教學處、德育處、科研處分別與總校內設機構相銜接，實現條塊結合的完整管理。