Code Geass 反叛的魯路修R2(第二季)動畫第二季於2008年4月6日開始播出。采用與原本制作時的畫面比例，也就是16：9的寬屏幕格式播出。
2008年4月15日下午17時（東京時間），發生了因為負責本節目網絡上放送的BANDAI公司下屬的網上放送頻道的防止惡意投稿的系統操作錯誤，將本應在4日後（4月20日）播出的第三話的長約5分51秒長度的樣片（其中包括了節目Part3的壹部分，整個Part4、ED以及第四話次回預告）錯誤上傳到網上提前曝光的嚴重烏龍事件。亦因播放時段欠佳,收視率曾低至1.4%。開始有網民恐懼會腰斬作結。
1. 魔神蘇醒之日（魔神 が 目覚める 日）
2. 日本獨立計劃（日本 獨立 計劃）
3. 被囚禁的學園（囚われ の 學園）
第四話（反擊的處刑臺）
魯魯修孤身出現在出現場上，利用地形將不理塔尼亞軍陣型徹底打亂，當馬上既要救出所有人質時，羅羅駕駛著文森特孤身突入.....最後壹幕朱雀出現在阿修佛德學院前......
第五話（Knight Of Rouds）
魯魯修從新取得了黑色騎士團的信任..轉阿修佛德學院內朱雀轉到了魯魯修的班級，11區政廳內到來了兩位圓桌騎士分別是第三騎士基諾和第六騎士阿尼亞朱雀把這兩人叫來做援軍準備在歡迎會上試探魯魯修記憶是否恢復.....晚會上魯魯修和朱雀在屋頂相遇朱雀讓魯魯修於11區新總督對話但從電話裏傳來的聲音是........
第六話（太平洋奇襲作戰）
當魯魯修將要暴漏的時候羅羅出現使用geass幫助魯魯修滿了過去，魯魯修在太平洋上奇襲總督護衛艦這把將娜娜莉奪回，當即將成功是吉爾福的率領近衛隊前來援助，就連發現事情不對的朱雀也帶領兩位圓桌騎士前來支援......在旗艦內娜娜莉對zero說出了自己真正的願望......
第七話（被舍棄的假面）
計劃失敗後的魯魯修為了娜娜莉的理想決定舍棄黑色騎士團....娜娜莉在繼任儀式上是說出了想要重建特去日本的想法......當黑色騎士團即將全滅是魯魯修重拾那以被遺棄的假面並卻決定黑色騎士團全體加入特區日本.
第八話（百萬的奇跡）
在加入特區前zero和朱雀他們進行密談準備動用100萬人加入要求是放過自己.....轉會場上煙霧彌漫散去後會場上的100萬人全部......
第九話（朱禁城的新娘）
zero帶著100萬人逃亡到中華聯邦提供的蓬萊島上，這是傳來了中華聯邦的天子和不理塔尼亞大皇子聯姻的消息....婚禮上星刻前來阻止婚禮的進行中途zero出現.....
第十話（神虎閃耀之刻）
zero成功奪取天子後撤退的路上遇到到了星刻駕駛的神虎，紅蓮與之交戰中電車電力用盡被俘....zero遭星刻追擊退入帝天八十八陵，這是大宦官對星刻的部隊開火.....
第十壹話（思念的力量）
當星刻面臨絕望的時刻魯魯修回應了星刻想要就天子的願望使用蜃氣樓就閑了星刻，這是整個中華聯邦卻出現了叛亂....
第十二話（Love Attack）
會長為了慶祝自己畢業舉行了慶典，魯魯修和咲世子兌換身份和會長玩起了遊戲..當Orange進行geass清除時剛好清楚了夏利的geass.......
第十三話（來自過去的刺客）
恢復記憶後的夏利陷入迷茫，Orange正式投靠魯魯修....但卻應geass身亡因此魯魯修決定.....（這集實在不想寫）
第十四話（Geass 狩獵）
命運多次被geass改變了的夏利, 因為Geass慘死. 在她死後傷心欲絕的Lulu, 發誓要鏟平那個研究Geass的團體---Geass教團 有了Rollo和Orange提供的情報, Lulu找到了教團總部的所在, 帶領著黑騎士團沖進去,在門口等待的是教團的少年領導, 和CC同樣擁有不死能力的VV, 帝國皇帝的哥哥.....
第十五話（C的世界）
在和皇帝對決時, Lulu被送到了神秘之女CC的世界. 他必須要和擁有著神秘能力的敵人戰鬥.
當Lulu絕望的時候, 那個出現在他面前的人是....
第十六話（超合集國決議的壹號）
建立壹個超合眾國來對於Britainnia的目標終於實現了, 47個國家合幷到了壹起, 以日本合眾國和中華合眾國為首. 現在世界被分成兩部分, Britainnia和超合眾國, 世界的政治形式將進入壹個新的時代
第十七話（土之味）
在11區, 壹場黑騎士團與帝國最強的軍隊之間的戰役將要開始. 同時, 為了某件事, Lulu向樞木家的神社走去, 朱雀在那兒等候. 他們的見面醞釀著種種想法, 他們的命運將在何方? 魯魯修和朱雀決定再次聯手時卻........
第十八話（第二次東京決戰）
這壹話不知怎麽的從我電腦裏消失了......
第十九話（背叛）
修乃澤魯親自前往黑色騎士團說明了zero就是魯魯修以及geass的事黑色騎士團就定.......魯魯修在在斑鳩內被扇、藤堂、等騎士團的殘黨所包圍，同是帝國剩余圓桌騎士亦出現在魯魯修面前，危難之時洛洛現身與騎士團鏖戰，最終身亡....
第二十話（不配為皇）
瑪麗安娜在啊尼亞體內醒來喚醒了C.C.的記憶...朱雀認為皇帝已失去作為王者的資格而去刺殺皇帝，魯魯修決定去往黃昏神殿與皇帝同歸於盡，在不理塔尼亞軍中制造了混亂....
第二十壹話（諸神黃昏連接）
在C的世界中魯魯修了解了九年前的真相以及瑪麗安娜和皇帝的願望...魯魯修否定了這願望並強行命令C的世界不要停下再此魯魯修真正的力量覺醒.........皇帝與瑪麗安娜被C的世界吞噬.....
第二十二話（皇帝魯魯修）
魯魯修繼任不理塔尼亞皇帝後完全的重組了不理塔尼亞，朱雀擊敗來犯的4名圓桌騎士魯魯修決定加入超合眾國，在阿修佛的學院內將超合眾國全體要員作為人質要求.......同時修乃澤魯啟動了達摩克裏斯並否定魯魯修作為皇帝而修乃澤魯口中更適合的人選竟是娜娜莉.
第二十三話（修乃澤魯的假面）
修乃澤魯利用黑色騎士團於魯魯修在11區進行了大規模交戰交戰中魯魯修敗退，魯魯修使用地下資源櫻石將戰局拉了回來，這時達摩克裏斯向魯魯修軍不斷投放Fleija....
第二十四話（達摩克裏斯之空）
激戰中星刻突入了Avalon，魯魯修和朱雀利用妮娜制造的對Fleija武器成功進入達摩克裏斯的內部，但卻遭遇了在達摩克裏斯中等待著他們的基諾......
第二十五話
魯路修把自己變成了人民的公敵，然後讓朱雀殺死自己從而打造了壹個全新的世界，人們過著幸福的生活，娜娜麗也最終理解了魯路修,新的世界走向未來。
第二季播放電視臺
播放地域 電視臺 播放開始 播放星期及播放時間（UTC+9）
關東廣域圈 東京放送（TBS）2008年4月6日～ 星期日 17時00分～17時30分
近畿廣域圈 每日放送（MBS）2008年4月6日～
主題曲
（1）片頭曲
“O2～オー?ツー～”（第壹期、1話～12話）
作詞、作曲、歌：ORANGE RANGE
“WORLD END”（13話～）
演唱：FLOW
（2）片尾曲
“シアワセネイロ”（第壹期、1話～12話）
作詞、作曲、歌：ORANGE RANGE
“わが臈たし悪の華”（13話～25話）
演唱：ALI PROJECT
（3）插曲
“仆は、鳥になる”（19話）
演唱：Hitomi
“Continued Story”（25話）
演唱：Hitomi
各話標題
1. 魔神蘇醒之日（魔神 が 目覚める 日）
2. 日本獨立計劃（日本 獨立 計劃）
3. 被囚禁的學園（囚われ の 學園）
4. 處刑臺的反擊（逆襲 の 處刑臺）
5. 圓桌騎士（ナイト オブ ラウンズ）
6. 太平洋奇襲作戰（太平洋 奇襲 作戦）
7. 被舍棄的面具（棄てられた 仮面）
8. 百萬的奇跡（百萬 の キセキ）
9. 朱禁城的新娘（朱禁城 の 花嫁）
10. 神虎閃耀之刻（神虎 輝く 刻）
11. 思念之力（想い の 力）
12. Love Attack!（ラブ アタック ！）
13. 來自過去的刺客（過去 から の 刺客）
14. GEASS 狩獵（ギアス 狩り）
15. C的世界（C の 世界）
16. 超合眾國決議第壹號（超合集國決議第壱號）
17. 土之味（土の味）
18. 東京第二次決戰（第二次 トウキョウ 決戦）
19. 背叛（裏切り）
20. 不配為皇（皇帝 失格）
21. 諸神黃昏連接（ラグナレク の 接続）
22. 皇帝魯魯修（皇帝 ルルーシュ）
23,修奈澤爾的假面(シュナイゼル の 仮面)
24.達摩克利斯之空（ダモクレス の 空)
25.RE;
第二季非常之狗血...