1、來源不同：FAT32格式是Windows平臺的傳統文件格式，任何USB存儲設備都會預裝該文件系統，平臺上使用Windows95第二版首次引入，而exFAT格式也可以叫FAT64，是FAT32文件格式的升級版本，從WindowsCE6之後就出現了，是微軟為閃存U盤量身定制的，性能和技術支持很先進，同時針對閃存優化保護，不會造成多余的傷害。
2、單個文件限制不同：FAT32格式對單個文件容量有所限制，拷貝大小不能超過4GB容量，而文件名稱長度也不能超過255字符，而exFAT它解決了FAT32不支持4G以上大容量文件的問題，直接最大支持16EB（目前256GB），而Windows與Mac均可適用，還有十分強的跨平臺能力。3、適用情況不同：FAT32格式通常適用於小容量U盤，畢竟兼容性比較好，但若是大容量U盤的話，格式首選建議為exFAT>FAT32。