三阿哥和瑛貴人結局沒有在壹起，而且瑛貴人最後也被雍正賜死。
三阿哥是皇後養子，敬妃想要對付皇後，正巧發現三阿哥喜歡上瑛貴人，就想利用這件事陷害皇後，於是跑到雍正面前舉報三阿哥和瑛貴人有私情。
雍正知道三阿哥喜歡上瑛貴人的事情，卻因為顏面維護了三阿哥，下令處死瑛貴人，不聽任何人勸解，還懷疑果郡王府挑撥離間，覬覦皇位。
敬妃本想利用三阿哥的情書陷害皇後教子無方，可雍正雖然對三阿哥心生不滿，卻沒有任何懲罰，只是簡單處死瑛貴人封口，反倒是敬妃偷雞不成蝕把米，瑛貴人也意外成為敬妃和皇後鬥法的犧牲品。
從根本意義上來分析，瑛貴人是果郡王府送進宮來的，而皇上本來就疑心瑛貴人進宮的目的本就不單純，所有認為是受果郡王的指使讓皇上殘殺自己的兒子從而導致皇上無子，為了保全自己只能將皇位傳給果郡王。
所有的事壹旦觸及皇位這個底線，皇上都決不能容忍，所以皇上知道瑛貴人無辜，但是還是只能處死她，皇上這樣做的原因，壹方面是為了保全皇家名聲，保全自己為數不多的皇子，另壹方面，他有政治方面的考慮，保全自己的皇位。
從後面的劇情可以看出，皇上壹直知道瑛貴人是無辜的，卻還是賜她壹條白綾，讓她自盡。皇上認為瑛貴人這件事，是甄嬛和果郡王府壹眾人的陰謀，敗壞皇帝長子名聲，敗壞皇帝名聲，打壓皇長子，而他們***同的意圖無非是圖皇位，而實際上甄嬛和果郡王府並沒有這個心思，只是皇帝自己太多疑了。