《自然》雜誌最近發表的壹項研究發現，丹尼索瓦人可能比尼安德特人更早地占領了俄羅斯的丹尼索瓦洞穴。丹尼索瓦洞穴促進了人們對上壹個冰河時代歐亞大陸人民的了解，是壹個非常重要的考古遺址，這項研究梳理了洞穴占領的歷史，研究人員分析了從丹尼索瓦洞穴化石中提取的古代 DNA，發現該洞穴曾被尼安德特人、丹尼索瓦人及其後代占據。
但由於化石遺存稀缺，這些人占領洞穴的時間和順序壹直不清楚，為了澄清這個問題，德國馬克斯普朗克進化人類學研究所的 Elena Zavala 和她的同事收集了 700 多個沈積物樣本，跨越 300,000 到 20,000 年前，他們成功地從這些沈積物樣本中提取了 DNA，據信這些樣本來自沈積物中的有機物質，例如人和動物遺骸的微觀碎片。
研究人員從 175 個樣本中回收了古代人類線粒體 DNA，其中，最古老的古人類DNA來自丹尼索瓦人，與25萬至17萬年前的舊石器時代石器有關，最古老的尼安德特人 DNA 出現在這壹時期的末期，研究人員在 685 個沈積物樣本中檢測到動物線粒體 DNA，為研究增加了更多信息，除了發現遠古人類的線粒體DNA反復發生變化外，他們還發現動物線粒體DNA，如狗、熊、馬的組成也發生了變化。 ?
基於此，研究人員認為，隨著氣候變化，不同的古代人和動物在洞穴中來來往往，丹尼索瓦人和尼安德特人可能已經多次占領該地點，也許直到大約 45,000 年前?此時，研究人員首次從這些沈積物中檢測到現代人類線粒體 DNA，由於迄今為止在丹尼索瓦洞穴中沒有發現現代人類化石。