在壹個月黑風高的夜晚，警方收到了壹封預告信，信中宣示將偷走存放在米花町銀行裏的櫻桃藍寶石，而寄信人正是魯邦三世！？《魯邦三世VS名偵探柯南 THE MOVIE》4月4日全國聯映！
在壹個月黑風高的夜晚，警方收到了壹封預告信，信中宣示將偷走存放在米花町銀行裏的櫻桃藍寶石，而寄信人正是魯邦三世！？專門負責追查魯邦案件的國際刑警組織（ICPO）的錢形警部，這次將與警視廳的目暮警部聯手，準備動員所有警力追緝魯邦。
隨後，關聯事件接連不斷的發生，警方在大街上與魯邦展開壹場激烈的追逐戰，然而贏最後得勝利的卻是魯邦。魯邦在寶石到手之後，來到人煙稀少的港口撥了壹通電話，電話的另壹頭是壹個名叫亞倫?史密西的神秘男子，而在亞倫身旁的女子正是峰不二子……。
大作戰VS名推理！
以及，巨大組織的黑影襲來…
同壹時刻，電視上正播報著世界聞名的超人氣偶像?艾米利歐為了舉辦演唱會而來到日本的消息。對於艾米利歐及其美女經紀人?克勞蒂亞的到訪，少年偵探團的元太、光彥與步美三人也興奮不已，唯獨柯南卻目不轉睛地註視著另壹個人。因為擔任艾米利歐此次訪日行程貼身保鑣的人，竟然是魯邦的最佳拍檔?次元大介！他們究竟是在策畫什麽樣的陰謀？柯南開始對魯邦壹夥人起了疑心。
就在這個時候，「馬上取消演唱會，不然讓妳沒命！」艾米利歐收到壹封來源不明的恐嚇信，擔任此案貼身護衛的毛利小五郎以及與父親同行的小蘭等人也為此感到不安。另壹方面，與灰原哀、阿笠博士壹同為了策畫逮捕魯邦壹夥人而燃起鬥誌的少年偵探團，意外發現了石川五右衛門藏身的秘密基地……。