本次馬拉松賽道主要圍繞廣州的母親河珠江兩岸來設置，三項比賽的起點都設在花城廣場，全程馬拉松終點也設在花城廣場；半程馬拉松終點設在閱江路親水公園；迷妳馬拉松終點設在天河體育中心。 本次比賽與2012年的首次廣州馬拉松不同的是，參賽年齡有所限制，其中全程馬拉松項目年齡限20周歲以上、半程馬拉松項目年齡限18周歲以上、迷妳馬拉松項目年齡限15周歲以上。特別要求參賽選手應身體健康，有長期參加跑步鍛煉或訓練的基礎。組委會要求所有參賽選手必須通過正規醫療機構進行體檢（含心電圖檢查），確認自己的身體狀況能夠適應於長跑運動才可以報名參加。
另外，本次馬拉松賽的全程和半程馬拉松項目的參賽選手須有參加過半程以上馬拉松的完賽經歷並持有完賽證書或成績證書。而為了讓不具備上述條件但又想參加本次比賽的選手有機會參賽，組委會還將舉行測試跑，成績合格者才能獲得全程或半程馬拉松的參賽資格。 2013年9月30日上午10時，2013廣州馬拉松賽的迷妳馬拉松項目（5公裏）正式啟動第壹階段報名工作，***開放1萬個名額。15時20分，官方微博“@廣州馬拉松”發布公告：2013廣馬第壹階段迷妳馬拉松報名工作已截止，10000個名額已報滿。
廣州馬拉松賽的3000個全程馬拉松（下稱“全馬”）名額經兩個半小時名額即滿，3000個半程馬拉松（下稱“半馬”）名額1小時內亦滿。而迷妳馬拉松首批有1萬個名額，官網報名系統也持續“塞車”，並壹度“癱瘓”。上午10點，有記者準時進入報名系統，不停地刷新網頁，12時左右才支付完成報名成功。
2013年9月30日14時15分，官方微博“@廣州馬拉松”稱：由於報名情況非常火爆，網站PV已經達到前兩日報名的6倍之多。截止14時已成功報名約7000人。
15時20分，廣州馬拉松全馬、半馬和迷妳馬拉松第壹階段的報名全部結束。10月10日起將啟動第二階段報名工作。分別開放500個全馬、500個半馬和3000個迷妳馬拉松報名名額。