根據上述職責，市環境保護局設8個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文秘、檔案、保密、信息、督查督辦、國有資產管理、財務和後勤管理等行政事務；負責黨務、紀檢監察、人事、勞資、計劃生育、社會保險、離退休人員管理、外事、工青婦等工作。
（二）政策法規科。
組織擬訂有關法規、規章；承擔規範性文件合法性審核；辦理人大、政協的議案、建議和提案；負責對環境保護執法監督檢查；負責環保法律法規普法工作；負責行政復議、聽證和行政應訴、申請法院強制執行工作；參與調查處理環境汙染事故和生態破壞事件。
（三）生態保護科。
貫徹和監督實施自然生態環境保護和農村環境保護法規、規章和政策；制定全市自然生態保護規劃；負責生態示範建設工作；參與編制自然保護區規劃和市級自然保護區評審工作；指導、協調農村生態環境保護監督管理。
（四）環境規劃與科技標準科。
承擔環保模範城市的日常工作；組織編制環境功能區劃；組織編制環境狀況公報；參與制定國民經濟與社會發展規劃、國土整治規劃和生態環境建設規劃；審核城市總體規劃中的環境保護內容；組織實施環境保護強制清潔生產；組織擬訂地方環境標準並組織實施；組織協調環境保護科學研究和技術引進，管理環保科技成果。
（五）環境影響評價管理科。
負責審批建設項目環境影響評價文件；對報送國家、省審批的建設項目環評進行初審；依法組織審查由市政府審批的有關規劃的環境影響評價文件；負責建設項目試生產和試運行環保核準。
（六）汙染控制科。
負責大氣、水體、噪聲汙染防治工作；組織實施限期治理、達標排放等環境管理制度；負責環境統計工作、江河水綜合整治、治汙保潔工程、建設項目環境保護竣工驗收等；會同有關部門管理環境保護專項資金。
（七）總量減排科。
負責制定全市主要汙染物排放總量控制措施和對策；組織有關單位編制總量控制計劃並實施，負責主要汙染物總量減排核查工作；承擔省政府對市政府及市政府對各區（經濟功能區）總量控制與汙染減排目標考核工作，負責主要汙染物排放總量統計分析工作；負責制定排汙許可證管理制度。
（八）宣傳教育與交流合作科（市環境信息中心）。
負責環境保護的合作與交流；負責本市環境信息管理工作；負責制定並組織實施環境宣傳教育計劃；負責全市環保系統在職幹部的環保業務培訓，承辦環境保護的社會表彰工作。