過了被熔巖填沒的小河，發現了壹座龍族全盛時期遺留下的建築。因為龍得到了“勇者之徽章”被允許進入遺跡接受試練，（必須由龍帶隊！不同的人領隊可能使劇情發生變化這點必須註意。）成功後龍終於擁有了變身成龍的能力！
龍還發現在壹片樹林裏聚居著許多妖精，另外樹林附近的地方有個男孩不斷圍繞著花叢轉圈。穿過地洞來到壹個名叫“ひかりのまち”的港口城市，剛進城就被士兵抓入監獄，監獄的水槽中可以得到壹件囚衣裝備後升級時會大幅提升能力值！牢房中有個黑臉小個子悠閑的躺在床上呼呼大睡，龍上前搭訕那小子問他們是不是想出獄，得到肯定回答後他起身很輕松地就把牢門打開然後有自顧上床大睡。雖然有些古怪但畢竟重獲了自由，這座城市十分繁華當然要挨門挨戶洗劫壹番啦！在壹幢房子的二樓如果是尼娜領隊浴室的老頭會要求異性按摩，哇塞！報酬竟有兩萬元。另壹幢房子中有位婦女正為失蹤的兒子擔憂，龍想起了途中遇見的那個男孩。（回到原來地方先和樹林中的妖精交談，然後再到花叢處請妖精護送男孩回家，事成後也會得到獎金兩萬元。）城中的大富翁ロズオーダ擁有著港口的海船，他正在為愛子患有的憂郁癥而擔憂。到地下室可以看到他的兒子自鎖密室中。
在光明之城“ひかりのまち”逛了壹圈才知道這座城市的特殊之處是沒有黑夜！到海底族開設的商店中花六萬五千元買了壹個黃金器物“きんののべぼう”，商店樓上還可以找到壹個逃到此處的龍族同胞。毫無進展情況下眾人前往傳聞中獲悉的另壹座奇特的都市黑暗之城“やみのまち”。
穿過光明之城右側的山洞，附近砂地上有座高塔暫時無法進入。不遠處就是黑暗之城。（在沿途會出現經驗值很高的金色史萊姆建議稍作停留。）黑暗之城果然名副其實，城中的居民談吐都十分怪異。交談中獲悉了有關“光明鑰匙”和“黑暗鑰匙”的事情。和長老對話後用黃金器物“きんののべぼう”交換了“こおりのせんす”！
黑暗城左行進入山洞到達沙漠，在沙漠族的營地ヂューン幫助擊退砂蟲得到“とぅぞくのふえ”。利用“とぅぞくのふえ”進入大盜賊的墓地，因為墓中所有的寶箱都有機關所以不忙先開！下到墓地三層巖石上插著壹把回旋鏢無法取出，只得打倒守衛樓梯的眼球怪進入傳說收藏“大盜賊秘籍”的密室。誰知打開寶箱後卻啟動了機關，危急關頭盜賊丹克趕來了。這不是光明之城監獄中的黑小子嗎？！原來丹克到這裏是為了獲取傳說的“大盜賊秘籍”，交談後丹克也加入了冒險行列。（丹克的技能是開鎖和發現機關）經過調查大家終於發現“大盜賊秘籍”原來鐫刻在墓的八口石棺材中，丹克如願以嘗地成為真正的大盜賊！
回到黑暗之城進入鄰近的高塔取得黑暗之鑰匙“やみのかぎ”，黑暗之城恢復了晝夜變化。再到光明之城，先跟ロズオーダ的兒子說話，然後和ロズオーダ交談，其間ロズオーダ亡女アイナ的靈魂出現說明原因。最後龍獲準到密室取得了光明之鑰匙“ひかりのかぎ”，光明城也恢復了正常。
獲得ロズオーダ使用海船的許可龍前往碼頭，船長報告說船已經被黑龍帝國強占！海船邊遭遇了帝國官兵，戰鬥後帝國軍炸沈船逃走了。正在無奈之時船長帶來個海底族的商人曼尼洛，曼尼洛聲稱在某處藏有壹艘帝國軍火船但向龍敲詐黃金器物（真黑啊！）。直到如願以償他才開口。
進入原先從タタール鎮到光明之城的山洞左行，用炸藥炸掉攔路的碎石後來到帝國的秘密基地奪取了軍火船。回至光明城碼頭告訴船長已經得到船只，告別了ロズオーダ父子壹行人和隨後趕來的曼尼洛泛舟西去！
第四章：魔卵
船行至中途遭遇了黑龍帝國大批船隊的圍攻。奮力打敗登船的帝國將軍後敵人竟點燃了艙底彈藥的引線，情急之下曼尼洛帶領大家跳海逃生。
火藥的爆炸引起的連鎖反應把帝國艦隊也完全摧毀了，旋渦把所有人卷到壹個孤島上。曼尼洛說只有取得潛水面具眾人才能下水，當龍向他求助時再次獅子大開口敲詐壹百萬元，沒辦法只好先答應了再說吧！
接下來是曼尼洛的單獨行動了，以他稀松的身手很容易被敵人打倒。使用まものりけむり來到海底的商業都市マッカ，（戰敗後也會自動來到マッカ的記錄點但所持金會減半）這裏是曼尼洛的故鄉，似乎族人對曼尼洛的口碑並不佳。（貪汙犯？！）族長告訴曼尼洛蠻人都市カンツ擅長打造鐵器，獲得確切消息後曼尼洛只身前往南岸。
不知什麽原因カンツ鎮的壯年都不見了，找到老鐵匠說明原因後，老鐵匠告訴他マッカ的族長處有潛水面具。回到マッカ向族長索要了正想離去屋外傳來異常響動，原來救起了壹個蠻人青年。眼見那青年奄奄壹息曼尼洛要求族長救治卻被敲詐了五千元！（烏鴉壹般黑）龍眾人進入マッカ後趕走了蠻人青年頭上的死神，蘇醒後那人自我介紹叫貝魯達。貝魯達是因為反抗帝國抓捕勞役而不幸墜海的，為了拯救族人他也加入了冒險行列！（貝魯達的技能是蠻力！可打碎巖石和敲擊樹幹獲得果物。）回浮遊城讓貝魯達打破墻壁取得道具，利用丹克的開鎖技能在城第四層右上方墻壁縫中找到基力亞姆的專用武器。調查第五層門左側的雕像可獲得龍的強力防具。再去到“大盜賊之墓”讓貝魯達拔出石上的折斷之回旋鏢。壹切準備妥當後大家向マッカ西岸的帝國要塞殺去！（在カンツ鎮的密室丹克可以學習到與基力亞姆、曼尼洛兩人合體的超級能力。）
要塞有層層重兵把守，打敗BOSSナイトブリーブ後救出了所有的蠻人族男性村民。穿過壹片生棲著許多石化雞的樹林來到敵居城ナバルのしゐ，因守衛森嚴不得不暫時回到カンツ鎮，老鐵匠幫助龍修復了回旋鏢。カンツ鎮入海口往東的椰林中居住著壹位神秘的老者，老者顯然知道回旋鏢的來歷，他對龍等人的實力十分驚訝，指點了龍關於石化雞和蛋的壹些秘密！
去到生棲著石化雞的樹林，鳥巢中果然有個奇怪的蛋，而且原先林中的壹個蒙面人已經消失。為了奪取蛋和石化雞發生了沖突，取得蛋後慢慢把石化雞引出樹林來到ナバルのしゐ，（註意要讓石化雞跟上步伐）乘混亂之機突入城中。帝國軍頭領留下三個嘍羅斷後倉皇逃走。救出貝魯達妻子等壹幹女村民後到マッカ和海底族族長交談獲悉情況已經十分危急，喚醒族長家樓上的老人在其床上得到重要道具“しゅごしんぞう”。眾人前往沙漠尋訪偉大的女魔導師迪絲（ディース），在廢棄的古代都市（さまよえゐまち）中只有精靈在此躲避喧囂的塵世，而迪絲已經被封印了數百年的漫長歲月。打敗看守的精靈後喚醒了她，迪絲似乎對龍的營救並不太在意，警告龍在森林中得到的那枚蛋危險性後就又自顧睡去了！
眾人商議後決定把蛋投入海底火山。銷毀了蛋以後迪絲加入了冒險隊伍，由於大魔導師助戰海底族決心抗擊黑龍帝國的侵略。壹場大規模戰鬥後將帝國軍趕出了這片海域，對此黑龍王ソーゴン十分惱怒！勒令ジュダス火速消滅龍等人，ジュダス召喚手下四天王準備行動。另壹方由於曼尼洛的功勞海底族族長賦予他特殊能力，曼尼洛終於可以變身成大魚載眾人穿過海底的大裂縫。
註：在海底城マッカ和以後的音樂城都有空攤檔供曼尼洛經商，如果幸運的話會買到各人究極的裝備；如貝魯達的碎星槌。
第五章：虛幻
過了大裂縫後來到位於海島上的音樂城（おんがくのくに），這裏的居民都用音樂進行交流。龍由於無法和他們交談而暫時壹無所獲，不過在樓上寶庫被石巨人推下地洞後移動箱子會得到本遊戲極重要道具最強釣竿（たくみのさお）！最奇特的是在壹間屋子裏看到個和尼娜壹模壹樣的有翼族少女。
下海後北行登陸，來到山間小鎮かぜのむら。在這宿屋下方房子裏的密室丹克又能學到壹種合體技能。不知什麽原因這個村莊的許多青年男女都處於莫名的興奮狀態，而村西的羊圈被壹只金色的蒼蠅（さんのぼえ）所占據。
向北出村在山道上壹株碩大妖異的魔花正不斷噴灑著花粉，看來村中青年的怪異狀態與此有關。必經之路的木板橋不知何時已經被拆毀，為查明原因龍進入橋畔的洞窟探索。在洞窟二層遭遇四天王之壹的してんのうキュラ，施用魔法把眾人變得很小後揚長而去。幸好在墻角發現了壹個鼠洞，消滅了霸占洞府的蟑螂群後老鼠也幫助龍他們解除了魔法。下到魔法坩堝爐キュラ召出壹個強悍的紅色巨人後再次離去，巨人被打倒身上的魔咒也同時消失，竟然是かぜのむら鎮叫ニコル的青年，把ニコル擡到村口他姐姐ユナ也聞訊趕來，迪絲診斷後認為キュラ所施的魔法還有復發的可能必須趕快找到解藥。
先到村中羊圈裏抓獲金色的蒼蠅，來到ナバルのしゐ左邊的水洞中和青蛙交換かえゐのしゐ回村交給迪絲配制成解藥。服藥後迪絲又叫龍去鏟除禍害村莊的毒花，毒花原來也出自キュラ的手筆，根絕了巨大化的毒花後キュラ只得再次逃走。回村時狂亂的青年們都恢復了理智，而ニコル卻再次暴走！打敗了他後キュラ的魔法徹底解除了。在宿屋下方屋中床上得到めいじんのぷえ。
壹行趕到橋邊，此時ニコル又倒在剛修復的橋面上昏迷不醒。這次無計可施的キュラ親自上陣變成デビマンダー和龍決戰，他的身手可比不上腦袋詭計百出，招數單調且威力壹般，擊敗キュラ後過橋。
過橋後是壹片平原，平原上有個地洞，壹個小小的腦袋不時探出來四下張望。進洞才知道這是地底族的部落グラモール，全族人都在為昏睡不醒的莫古（モグ）擔憂。老人交給龍壹件樂器ききみみずきん（作用是可以聽懂音樂城居民的說話），說音樂城可能有喚醒莫古的辦法。
白天進入音樂城（可以使用光明之鑰匙），和長老交談後與女王面會，女王似乎對黑龍王ソーゴン很有好感而拒絕了龍希望得到時間之鑰匙（ときのかぎ）的請求。晚上（使用黑暗之鑰匙）女王正在入浴拒絕會客，龍來到二樓花盆後可以偷窺到女王背上奇怪的記號。在來到寶庫和長老交談，在長老的左右邊各調查壹次就會發生情節！女王率兵前來和迪絲發生了激烈的沖突，誰都沒有料到從寶箱中出現的是四天王之壹的“してんのうカーラ”…第二天在寶庫中取得“セラピのまくら”趕回グラモール。
眾人冒險進入莫古的夢境中，夢境中來到壹個開滿鮮花的小村。出村前往北方的白塔，守衛白塔第壹層的夢精靈（ドリーマー）任何攻擊都對它無效，逃走回到小村時見莫古的妹妹已在等候。談話後才知道先要去南面的洞中尋找勇氣（ゆうき），原來這就是迷失自我的莫古。在所有族人的鼓勵下莫古終於恢復自信加入了龍等人的隊伍中！
再次進入塔中。夢精靈見莫古已經恢復慌忙逃走，追到頂樓將它打敗後回到現實世界。（莫古的技能是可在松軟的地上挖掘。）
はゐのむら鎮。最近氣候的變異使這裏異常寒冷，連瀑布都凝結成了冰，這些都和四天王中的してんのぅジグムト來到鎮西氣候制禦塔有關。利用莫古鉆地的技能進入塔中，ジグムト等候在制禦裝置前，他使用魔法把龍等人移送到異次元空間，這個空間實際是所有人精神世界的混合體！途中壹個叫りょうしん的人指點龍穿過壹個旋轉迷宮找到了ジグムト。戰鬥初期ジグムト將真身隱藏在幻象中時魔法抗性很強，結界打破後則物理抗性轉強，打敗他脫離異次元空間取得天之鑰匙（てんのかぎ）。使用天之鑰匙啟動氣候制禦裝置，眾人出塔看時已是冰雪消融、大地如春！
回到はゐのむら鎮大家都十分高興，只是有位老爹因為氣候的突變而患病，壹時也沒有醫治的藥物。進入雪融後的瀑布山洞南行。村北的池塘裏龍使用最強的釣竿（たくみのさお）可以釣到傳說的龍之鎧甲（ドラゴンアーマー）。
註：釣魚所需各種魚餌可在海底城右上角道具屋買到。
第六章：愛與哀愁
離開はゐのむら鎮南下途經壹個林邊小村，進村才發現時間在這裏似乎完全停頓了！人和禽獸像石雕般毫無生意、風車不再轉動、噴泉之水停止了激湧、甚至連屋頂上的炊煙也在半空凝滯不散…在這死壹般寂靜的村莊中只有壹個叫エラン的男子沒有受到任何影響。
エラン介紹這裏是チャムのむら，他並沒有說出自己安然無恙的原因，隱諱的告訴龍此處時間停止的原因與高原上時間之塔有關！去時間之塔途中見到壹顆參天大樹，使用貝魯達的特技可得到壹枚“ホリディのみ”，聽說是珍貴的藥物還是先妥善保存著為好！
眾人在時間之塔再次遇見了“してんのうカーラ”，正當カーラ試圖對龍等人使用“時間黑洞”的魔法時。她突然從鏡像中發現了エラン，驚愕之下カーラ的魔法沒有成功，龍壹人被拋到大樹之下。回到チャムのむら和同伴會合，迪絲壹針見血地指出エラン本人壹定知道事情的真相！エラン告訴大家カーラ是他以前的戀人，表示願意解決這壹事件就獨自離去了。
再去時間之塔看見エラン正在勸說カーラ，希望她能回到原來的樣子。カーラ拒絕了エラン的規勸和龍動起手來，眼見不敵カーラ再次使用“時間黑洞”，龍、尼娜兩人被カーラ轉移至她的居城前，カーラ恨恨地對龍說馬上也會嘗到愛人分離的滋味就躲進了城。回到チャムのむら看到迪絲等正在救治重傷的エラン，エラン詳細向眾人述說了當年和カーラ相戀的往事。エラン告訴龍以前到カーラ居城去的信物是“ホリディのみ”！
“ホリディのみ”果然是開啟カーラ居城門戶的憑證。經過大家的勸說カーラ終於同意交出手中的時間鑰匙（ときのかぎ）來救助チャムのむら的村民。這時四天王中的“してんのうゴダ”突然出現指責カーラ背叛了帝國，カーラ讓大家離去自己單獨面對ゴダ。眾人逃出城外看見エラン蹣跚趕來，エラン說無論生與死都將和愛人在壹起。空間發生了劇烈地扭曲，看著カーラ之城和城中的壹對愛侶消失在眼前，眾人心中無限悲哀和惆悵！
時間之塔中尼娜自告奮勇上前開啟制禦裝置，誰知空間發生了扭曲…眾人被傳送到了音樂之城，惟獨尼娜不見蹤影。城中的記錄點附近出現了壹個奇怪的金發男子，那人對チャムのむら的現狀十分關註。龍的直覺認為原先在城中看到那個和尼娜模樣相同的少女可能就是本人！但和那少女交談卻不得要領，眾人只得先回チャムのむら看看。
チャムのむら終於擺脫了時間的咒縛，和所有村人對話後獲悉黑龍帝國的首都就在赤水河的對岸。在村右上角再次發現奇怪的金發男子與之對話後消失，（在原位置調查可得重要道具つうこうしょ）然後再次進入村右上角的屋中，壹個人告訴龍配制記憶秘藥オリザニン所需的四種藥材：海椰果（わだヤシのみー可讓貝魯達敲擊海椰樹獲得）、光之石髓（ホリのねっこーグラモール附近壹株單獨的龍舌蘭下讓莫古挖掘得到）、白鹿角（しろしかのつの）、毒河豚（どフグー赤水斷橋上釣得）。
前往赤水河途中經過原先カーラ城的舊址，發現有壹男壹女兩個小孩正在嬉戲，男孩追著女孩口中叫著她的名字：“カーラ！！”隨即兩人都跑得不見蹤影了…
第七章：再遇
赤水流淌著劇毒的紅色液體,唯壹的通道石橋也已被破壞。釣到毒河豚回到チャムのむら，老人馬上配制了秘藥オリザニン。到音樂城讓尼娜服下後恢復了記憶，尼娜還獲得了變成大鳥空飛的技能！
為了準備最後的決戰，需要四處尋覓古代龍的神秘力量。先飛到カンダベル北方壹處有龍頭記號的地方讓莫古鉆洞進入後丹克可以學到新的合體技（能推開重物），這樣的龍之寶藏各地有許多須仔細尋找。到黑暗之城利用丹克的新合體技推開屋中的木箱能學到丹克最終的四人合體技！利用四人合體之力還能打開各地龍之封印的石門取得其中藏寶。
至於本遊戲最大秘密“真-龍皇帝”則必須先到世界的枯井中釣到龍之鎧甲（ドラゴンアーマー）以外的其他三件龍之裝備，然後先去カンツ鎮以西的龍之遺跡讓龍學到第二階段變身能力。再去往かぜのむら以北島上的遺跡學會第三階段變身。最後進入ロメロ鎮附近以前取聖水的地洞，潛入水下遺跡接受龍族最後的遺產就能取得“真-龍皇帝” 的究極能力（同伴八人合體攻擊威力驚人！）
取得了所有的古代遺產後，龍等八人向黑龍帝國最後的據點發進。雖然有毒沼與大河阻擋，尼娜的飛行卻無往而不至！使用つうこうしょ混入城中，卻發現城中的升降裝置已經關閉。守衛士兵之間還傳播著城下生棲著地底族的說法。轉了壹圈後回到はゐのむら鎮從生病老人那裏得到ふはいのかぶと。再到カンツ鎮東椰林的牧羊老人那裏取得いちらんひょう，往北飛至居住著壹個紅衣老人的孤島把いちらんひょう交給她換取了へんなもの。如此往返數次最後得到了重要道具“はがんのつぬ”！轉至カンツ鎮請老鐵匠鑄成了控制開關“そうちのぶひん”。
安裝控制開關後到達塔頂，守在門口的神秘人說需要龍之死亡旋律ドラゴン.ソウル才能打倒黑龍王ソーゴン！在夜間進入音樂城可從壹吹笛少女那裏獲得了龍之死亡旋律的曲譜，回到黑龍之塔神秘人已經消失不見。殺入玉座之間見到萬惡之源ソーゴン，ソーゴン露出原形ー巨大的黑龍試圖頑抗，當龍吹起死亡旋律時ソーゴン（也包括龍自身）的HP變成1格，原來這首笛曲針對龍族有強大殺傷力！ソーゴン被消滅時黑龍之塔劇烈地動搖著玉座之間開始崩塌，墜入地底的龍意外地發現了失蹤多時的姐姐セィラ，姐弟傾訴別離之情後セィラ告訴大家會見女神ミリア需要使用天、時間、光、暗、大地等六把禁斷的鑰匙，同時セィラ還出示了從ソーゴン那裏取得的最終之鑰匙。正當龍把所有的鑰匙都交到她手裏神秘人突然出現了，原來神秘人就是ジュダス！ジュダス為了實現自己的野心不但暗中利用龍等人鏟除了最大障礙ソーゴン，還操縱セィラ騙取了所有的禁斷的鑰匙。ジュダス狂笑著攜セィラ遁走了！
姐弟的再會竟然是這樣的結果，正當龍萬分沮喪之時地面上突然出現了壹個小洞，原來是壹群世代定居在黑龍城下的地底族人，由於ソーゴン滅亡時的巨大變故攪亂了他們平靜的生活。來到地底眾人發現原先的出口已經完全被破壞，長老不慌不忙地施展出究極的奧義-螺旋掘地大法在堅硬的巖石地上打了個出口。莫古將所有的同族帶領到故鄉グラモール居住，長老把奧義傳授給了他！
眾人趕往浮遊城，ジュダス已經利用禁斷鑰匙把封印打開。追入封印之塔後セィラ阻擋在必經之路，龍面對著姐姐化身的白色巨龍十分迷茫，但為了全族全世界的安危只能將之打倒！生命即將終結的瞬間セィラ終於擺脫了ジュダス的精神控制，最後祝願了為正義戰鬥而日益堅強的弟弟後闔然而逝。
得到了古代之力的ジュダス制造大爆炸破壞了封印之塔，龍調查封印之塔可以找到最強回旋鏢（スライサー）。回到ドラグニール接受了龍族長老喻示向女神ミリア及其信徒發動了最後的決戰。
第八章：真實的正義
女神的神殿已經從赤水中浮出，利用莫古的掘地術進入神殿內部。首先挑戰的是四天王之壹“してんのうゴダ”變化的石巨人，ゴダ的物理攻擊力十分驚人，戰鬥開始時應該讓尼娜使用全體防禦提升的魔法ミカテクト，打倒石巨人後進入神殿地下二層。
選擇下方的傳送裝置可到達ジュダス的所在，交談中龍斷然拒絕了ジュダス的勸誘，ジュダス變身後的形態極為醜惡，其雷電攻擊具有壹擊必殺的威力所以需隨時註意回復HP。如果變身成真-龍皇帝就很容易搞定了！ジュダス被打倒後在其寶座左側調查可獲得龍的最強武器皇帝之劍。踏上圓形裝置下降至神的領域，女神ミリア的外表是個楚楚可憐的少女，當ミリア問龍是否原諒她的過錯時，龍想到女神的累累罪惡；為了消除無端的恐懼而毀滅了鼎盛的龍族文明、為了支配世界驅使邪惡的黑龍族屠殺無辜…大聲說出了：“不！”女神頓時惱羞成怒。回答問題的不同選擇以及是否達成真-龍皇帝隱藏要素使女神在戰鬥中變化的狀態有所差異，如果拒絕女神的請求並達成了真-龍皇帝時女神ミリア最終會以真實狀態（五頭邪龍）出現！而結尾也有所不同。
神的領域隨著女神的失敗而崩潰，眾人從空中墜落時被及時趕來的有翼族人救回ウインディア。並肩作戰的夥伴終於要分別了，將同伴壹壹送別後龍只身再度踏上孤獨的冒險之旅。此時天邊彤霞似錦、殘陽如血，龍仿佛看到姐姐セィラ親切的笑臉…