《青年醫生》大結局沈青川和歐陽領結婚證無果，歐陽去塌方的隧道進行救援時，發生意外。在得知歐陽受傷後沈青川痛斥讓壹個女醫生出現場。曾主任和程俊向其道歉。隨後程俊守著歐陽醒過來，醒來後的歐陽向程俊說了自己的想法，認為自己還不適合結婚，覺得自己和沈青川沒戲了。而這壹切又被門外的沈青川碰巧聽到了，黯然離開。
而三位實習生也都離開了急診，曾主任沒有爭取到趙沖和鄒倚夢留在急診的名額，鄒倚夢也有了自己的打算，決定跟著胡藝青去私立醫院工作，而趙沖則選擇了社區醫院，希望可以幫助到更多的人。
又到了歐陽的生日，沈青川卻已經辭職離開，送給了歐陽壹個蛋糕上面寫著祝妳幸福。歐陽對著蛋糕許願，去年程俊送了壹個蛋糕，今年卻沒有送，希望他明年再送壹個。從這裏算是委婉的接受了程俊的愛意。而程俊的愛情長跑也終於結束了。而王博和鄒倚夢，艾小天和趙沖也修成了正果。青年醫生的愛情故事算是圓滿結束。