3.3.1 公益性地質工作
3.3.1.1 公益性地質調查缺乏長效機制
公益性地質工作投入缺乏長效機制。公益性地質調查隊伍缺乏經常性的工作經費，人員經費和公用經費嚴重不足，裝備費缺乏經常性的更新機制，不利於地質工作的長期、穩定發展。人員經費和公用經費嚴重不足導致收入分配過分依賴項目經費，直接影響到公益性地質調查成果對社會公開服務的動力機制；設備陳舊、離退休人員包袱沈重、醫療費不足等影響了地質調查工作的正常運行。這些問題有的通過自身努力可以解決，但很多問題的解決受國家事業單位改革進程的限制，需要有壹個根本性的改革和調整。
3.3.1.2 公益性地質工作隊伍亟待建實建強
目前我國公益性地質調查體制、機制不能適應新形勢的需要。中央公益性地質調查隊伍亟待建精建強，省級公益性地質隊伍尚待建實完善。中央和省級公益性地質工作目前尚沒有建立統壹規劃部署、統籌協調的機制。中央財政對公益性地質工作“大包大攬”，影響了地方財政投資公益性地質工作的積極性。在公益性地質工作的投入方面，中央和地方公益性地質工作沒有明確的分工，往往造成國家財政資金重復投資和浪費。省級公益性地質隊伍建設進展緩慢。由於各地實際情況不同，有些省級地質調查機構建設已有實質性的進展，但大部分沒有做實，全國2/3的地質調查院處於非實體或半實體狀態。
3.3.1.3 地質資料開發利用與服務存在機制政策瓶頸
我國公益性地質資料由於受到信息化程度低、地理涉密、部門利益等因素的制約，開放利用程度不高。地質資料匯交難，地質資料的開發利用與服務遠遠不能滿足社會公眾對地質信息的需求。與社會需求和發達國家的情況相比，面向產業部門和公眾的服務方式、服務能力遠遠不夠。
目前資料匯交管理和服務工作中存在許多問題，投資者對“公益性地質不公益”的現象反映強烈。由於政策法規不配套，大量基礎地質資料無法向社會提供公開利用。欠交地質資料數量較多，資料館藏機構信息資源不足。地質資料匯交管理工作尚未到位，沒有建立起有效的匯交管理監督體系。地質資料生產單位沒有按有關規定及時、保質地匯交資料。大量地質資料沒有及時匯交，造成資料館藏機構沒有充足、最新的權威數據。資料館藏機構體制不順。壹些地質大調查項目承擔單位只向中國地質調查局資料管理部門匯交資料，而沒有按《地質資料管理條例》的規定向政府部門匯交資料。地學數據庫管理和服務水平不高。數據信息分散管理，形成信息孤島，存儲、維護、服務所依賴的技術、系統大量異構，標準化程度低，大大增加了數據信息的管理和成果應用的難度。分散的數據組織管理模式導致信息***享程度低、資源浪費等問題。資料館藏機構的資料庫房、裝具、現代信息技術裝備等基礎設施水平普遍較差，資料保管條件差，通過網絡提供服務的能力不強。受館藏機構工作人員數量、素質等自身條件的限制，難以深入開展地質資料的綜合研究。對現有的成果不能及時向社會發布，相關需求不能及時滿足，服務水平低，只能維持日常工作，不能適應現代信息技術給資料工作帶來的巨大變化。
3.3.2 商業性礦產資源勘查
3.3.2.1 傳統運行機制慣性很大
在計劃經濟體制下把礦產勘查長期與礦業分離，以地勘費的核銷制度和地質成果的無償使用為特點，形成“國家出資-地勘單位找礦-礦山企業開礦-國家再出資找礦”的運行機制，強調“為國家找礦”。因此，往往習慣上把礦產勘查完全當做是地質工作的壹部分，無論從管理體制還是投入機制上都習慣於依賴地質工作事業機制運行。在當前的轉型時期，這種傳統的運行機制的慣性依然很大。實際上，礦產勘查都應是礦業再生產不可缺少的環節。通過後續的礦業銷售收入取得回報、實現擴大再生產，是實現礦產勘查投資良性循環的根本途徑。因此，只有把礦產勘查當成礦業的壹部分，才能從根本上解決地質工作同它的服務對象的結合問題。
3.3.2.2 政策法規亟待完善
《礦產資源法》規定，國家征收礦產資源補償費體現所有者的權益，憑國家政治權力征收礦產資源稅；征收探礦權使用費和采礦權使用費體現有償取得探礦權、采礦權。由於中央沒有統壹的探礦權、采礦權有償出讓收益的征收、處置辦法，所以各級地方政府將收益自行分割處置，壹般市縣得70%，省（區）得30%。礦產資源國家所有者的權益並沒有得到體現。現行《礦產資源法》及相關法規的許多內容已經不能適應市場經濟發展的要求。目前在推進礦產資源市場化改革中出現的壹些熱點問題，難以在現行法律法規中找到解決的法律依據。壹是對礦業權在理論上有不同認識，集中表現在對礦產資源所有權、使用權及其關系有不同認識這壹點上，使實踐中解決“產權明晰”問題十分困難。二是對國家出資勘查形成的礦業權的權益歸屬之爭激烈。三是市場準入退出機制及探礦權的招拍掛方面沒有具體的法律規定，主管部門與不同利益主體之間從認識到實踐歧見較大。四是對礦產資源主管部門在探礦權、采礦權市場中的地位和作用尚無明確的法規規定。五是探礦權人的權益保護法律規定也不明確。
3.3.2.3 市場主體改革滯後
鑒於我國礦產勘查的現實情況，原國有地勘單位和國有礦山企業構成我國礦產勘查市場的兩個重要主體。目前的國有地勘單位事業型地勘體制基本框架仍未改變，礦產勘查也沒有作為產業來運作。地勘單位在承擔地質大調查等公益性地質工作的同時，也承擔了大量商業性的地質工作。受投資能力的限制，地勘單位雖登記了大量勘查區塊，但投入很少，占而不探，客觀上阻礙了商業性礦產勘查市場的發育。另壹方面，許多國有礦山企業至今沒有把礦產勘查當成企業持續生產的壹個不可缺少的生產流程，而仍希望政府給予解決。江西德興銅礦2003年的銷售收入105億元，所屬6個礦山有5個後備資源緊張，但每年只拿出260萬～280萬元搞生產探礦。這種傳統的依賴國家提供礦產地的習慣心態，對商業性礦產勘查的發展十分不利。近年來，民營礦業企業得到了很大的發展，已成為市場主體之壹，但規模大、技術先進、運行規範的企業還比較少。大部分是小型企業，運作不規範的負面影響較大。礦產勘查對內對外開放滯後，新的市場主體難以形成，不利於形成有活力的勘查市場。
3.3.2.4 良好的投資融資環境尚待建立
由於礦業權保證程度低，稅費混亂，中央和地方政策不協調，礦業活動與土地使用不協調，地方保護主義等現象的存在，我國礦業投資環境總體並不理想。在礦業權的權益保障上，礦業權的法律地位不明確，財產權地位難以落實。礦業權與相鄰權利沖突，缺乏保障。如關於探礦權人優先獲得采礦權的規定，在實際運作中受到質疑。探礦權人無法保證獲得采礦權，對勘查的收益預期不明確。而對於“優先權”，有些地方政府將其理解成同等“價款”的優先，即探礦成功之後還要政府主管部門拍賣，價優者優先，更增加了投資者的顧慮。
3.3.2.5 市場體系和運行機制尚待健全完善
商業性礦產勘查缺少壹個規範有序的市場運行環境。礦業權市場不發育，主要表現是：壹級市場活躍，二級市場不發育。由於政府通過行政權力確定、批準、運作礦業權，特別是運用資源補償費，通過招拍掛出讓礦業權，實質上形成了對市場的操縱和壟斷。其中，由政府出資形成礦業權的“再出讓”，從理論上說，已經不屬於壹級市場，而是二級市場。政府對二級市場的過多幹預，必然影響礦業權市場的正常發展。有的省幾乎用壹級市場完全代替了二級市場，使市場的作用受到嚴重束縛，不利於市場的健康發展。
礦產勘查市場上壹個重要的要素市場——勘查資本市場的缺位也是當前勘查市場不發育的重要表現。雲南省地勘局組建的產權多元的礦產勘查公司準備上市，但經過多年運作始終未果，原因就在於礦產勘查風險大，礦業權評估和勘查投入資本化難以得到社會的廣泛認可，在政策制度層面存在諸多障礙，所以很難籌集資金。這種勘查資本市場的缺位，正是我國風險較大的普查評價投入不足的深層次原因。
圍繞礦業權市場正常運作的中介服務也不健全。中介機構資質管理不嚴，缺乏行業自律；評估方法欠合理；特別是評估本身受到多方幹擾，隨意性很大，缺乏公正性。其他各種咨詢業務基本處於空白。加之公益性地質信息的披露很不充分，各個礦業權人之間和礦業權人同礦業資本投資者之間，缺乏必要的信息溝通，嚴重影響了市場作用充分、全面的發揮。我國中介機構獨立性不夠，缺乏法律約束和誠信，以追求利益最大化為目標，也是存在的突出問題。
3.3.2.6 壹些行政審批欠規範
現行礦政管理不能適應商業性礦產勘查市場發展的需要，壹些行政審批不規範，存在地方保護主義；地方政府掌控資源、配置資源、追求權益的現象嚴重；政府參與經營，使得資本性投入和非資本性投入並存，對市場的規範和社會投資的進入都產生了很大的負面影響。當前，政府掌控礦業權，特別是掌控初級探礦權，具有普遍性。具體表現為：隨意增設行政許可，勘查登記多級審查，層層設障；礦業權招標拍賣掛牌運行不規範。