電影中映射出她自爆身亡，但結尾又給了懸念。
故事最後，查爾斯用心電感應給予琴安慰，使她終於能控制住這股力量，並原諒查爾斯的過錯。琴拯救眾人免受火車沖撞傷害後，釋放出潛能、活用能力粉碎周圍剩余的迪巴利人。
正當她面對武科時，琴深知壹旦釋放力量會牽連周圍的夥伴，於是將武科帶至大氣層外，吸收回武科先前從她身體裏奪去的力量，最後將武科徹底消滅。查爾斯等人目睹力量隨即以“鳳凰”的形狀在外太空爆炸，琴壹同消失在爆炸之中而被認為英勇犧牲。
事後，學院更名為琴·葛雷天才青少年學院作為紀念她，多年抗爭變種人權利的查爾斯決定退休，讓漢克接任校長職位。查爾斯在巴黎安頓下來後，埃裏克找到他決定跟他再下壹盤棋，讓他們兩位曾經的好友再次重聚。而下棋的過程中，天上出現壹道火焰化的鳳凰。（劇終）
童年
琴·葛蕾（Jean Grey）出生於美國紐約的壹個普通中產階級家庭，她的父親約翰·葛蕾（John Grey）是紐約巴德學院的壹名歷史教授。在琴十歲那年，由於親眼目睹自己的好友安妮（Annie Richardson）死於車禍，她體內的心靈異能被激發，並令她陷入昏迷。
為了使自己的女兒恢復神智，琴的父親向他在巴德學院的好友查爾斯澤維爾（Charles Xavier X教授）尋求幫助。為了治愈小琴，澤維爾暫時封閉了她的心靈感應能力，只留下了心靈遙感能力。