在中世紀的法國，王權和貴族割據勢力不斷鬥爭，由於經濟利益和宗教信仰的不同，反對王權專制的貴族逐漸分成了兩個集團：壹個是以王室近親吉斯公爵和洛林紅衣主教查理為首的強大的天主教集團，他們對國王有舉足輕重的影響；
壹個是以波旁家族的孔代親王、納瓦爾國王亨利、海軍上將科利尼為代表的新教胡格諾派集團。
胡格諾派戰爭的直接的導火索是“瓦西鎮屠殺”。早在16世紀40年代，亨利二世就曾讓特別法庭以懲辦異端為名，將大批胡格諾派教徒處以火刑。
1559年，佛朗索瓦二世繼位後，因為他的年紀太輕，大權旁落到了吉斯家族手中，致使新舊教派沖突更加加劇。
1562年3月1日，胡格諾派教徒正在瓦西鎮舉行宗教儀式，吉斯公爵率軍隊趕到，大肆屠殺，胡格諾派死傷將近200人。
1562年12月，天主教和胡格諾派在德勒交戰，這壹戰中，天主教徒的將領蒙朗西被俘，元帥安德烈戰死。
1563年2月，在奧爾良壹戰中，吉斯公爵被暗殺，而胡格諾派的納瓦爾國王安托萬在魯昂之圍中戰死。
1563年3月，王後卡特琳發布“安布瓦斯敕令”，給了新教徒信仰自由和在指定地區舉行宗教儀式的自由。
1567年9月，新教胡格諾派包圍了巴黎，11月，雙方在聖德尼交戰，德國新教派兵馳援法國新教，使胡格諾派兵力得以增強，戰勝了天主教。
1568年，法國天主教和宮廷被迫簽訂了《隆朱莫條約》。9月，在天主教的壓力下，查理九世撤銷了宗教寬容敕令。
1569年3月，新教軍隊在雅爾納克被天主教軍隊擊敗，孔代戰死。
1570年，為了緩和兩派的關系，太後卡特琳簽署“日爾曼敕令”，新教徒又獲得了有限的信教自由。
1572年8月23日，吉斯公爵之子亨利乘胡格諾派的重要人物聚集巴黎慶祝起領袖亨利婚禮之機，以巴黎各教堂的鐘聲為號，率軍對胡格諾派進行突然襲擊，殺死胡格諾派教徒2000多人。
由於24日正值聖巴托羅繆節，因此這壹血腥的夜晚在歷史上被稱為“聖巴托羅繆之夜”。
這次大屠殺後，胡格諾派在法國南部和西南部組成聯邦***和國，並於1575年發動全面的起義，很快席卷了法國南部的大部分地區。
1576年5月，法王亨利三世簽署“博利厄敕令”，給予新教在壹切的城市舉行宗教儀式的自由。
天主教對此強烈的不滿，吉斯公爵亨利成立天主教神聖同盟，兩派戰爭又起。
1577年9月，戰敗的胡格諾派與天主教派締結“貝日拉克和約”，使“博利厄敕令”給予新教的自由和權力得到了限制。
1585年，得到西班牙支持的吉斯公爵亨利在南特重建天主教同盟，亨利三世也撤銷兩次敕令，胡格諾派則在波旁家庭的納瓦爾國王亨利的帶領下，於1587年在庫拉特擊敗了天主教的軍隊。
1588年5月，吉斯公爵亨利進入巴黎城，包圍王室所在的盧浮宮，亨利三世逃出巴黎，並簽署敕令滿足天主教的壹切要求。
同年的12月，吉斯公爵和天主教所有的首領被國王近衛軍暗殺，巴黎發生了暴亂，成立了以吉斯家族為首的新政權，亨利三世不得不與波旁家族結盟。
1589年，納瓦爾國王亨利在亨利三世被刺殺後成為法王亨利四世。
天主教拒不承認亨利四世的法王地位，所以亨利四世無法進入巴黎，而當時法國百分之九十以上的人口信仰天主教。
1593年7月25日，在重壓和形式的逼迫下，亨利四世在聖德尼大教堂改信天主教，並與天主教達成休戰的協定。
1594年3月22日，亨利四世進入巴黎，並於1598年4月頒布“南特敕令”，宣布天主教為國教，胡格諾派在法國全境有信仰的自由，“南特敕令”保留了胡格諾派的壹些特權，打破了天主教壹統天下的局面，而至此，持續了30多年的胡格諾戰爭結束了。