籌備伊始，已故的全國政協副主席、佛教界領袖、著名的書法家、詩人趙樸初先生立即寫來賀信，說：“成立小動物保護組織，我極為贊成”，並慷慨解囊，捐贈資金。已故的夏衍先生、冰心女士，曾擔任協會的名譽會長，並曾執筆作書，希望為協會募集資金。
協會自1988年11月開始籌備，1992年9月，經農業部批準正式成立，同年12月，在民政部註冊登記（社證字第3685號）。具獨立法人資格。2000年1月，又通過了清理整頓，再次註冊登記。8月，農業部召開社團管理工作大會，部領導在會上的講話中，贊揚“中國小動物保護協會的活動”，“體現了中華民族修德行善、珍愛生命的傳統美德”。體現了社會文明進步的標誌。