這兩個專業都要求學生學習編程和軟件開發的課程，但是這兩個專業的本質區別在於，他們壹個是science，壹個是engineering,?兩個專業內容壹般也都互有涉及，但學習深度和側重點不壹樣，所以難度相差不大。
1、學習內容不同
Computer Engineering專業的學生擁有對電路、電子學和VLSI設計的非常深厚的認知，這些都是現代計算機實際結構中至關重要的；而Computer Science的學生學習的是代數、計算和編程語言，這些構成了高級程序設計和計算的基礎。
2、學習範圍不同
Computer?engineering可以說是cs和ee的結合，即我們通常說的vlsi，computer?architecture，embedded?system三者的結合，但是Computer Science所研究的是如何設計和優化微處理器的功能。
3、開設的課程不同
Computer Science更註重理論研究（自動計算的性質、規律、運算等）；工程更註重系統應用（計算機系統及其應用），側重以計算機技術為基礎解決問題，編程壹般是重中之重，三門數學（高等數學、線性代數、離散數學）是基礎之重；工程有些偏硬與網絡、通訊更緊密些。
Computer Science科學研究的課題大致是：可計算性、算法理論、數據結構和數據庫、人工智能、人機交互界面等。
Computer Engineering研究的課題大致是：計算機體系結構、計算機系統、網絡與分布式系統、信息系統與安全、控制與智能系統、仿真與科學計算等。
4、就業方向不同
Computer Science專業就業方向偏軟應用如開發、測試、培訓、技術研究等，就業面較廣。
Computer Engineering專業就業方向則更容易到電信、通訊、航天等相關部門工作，同時網絡工程相關單位的設計、維護、培訓工作也會涉及。
這些就業方向都是相對的，跨行業就業面廣是計算機專業的就業特點。很多時侯還受到機遇、興趣愛好等的影響。這兩個專業最容易跨專業、跨行業發展，就業面較廣。所學知識是將來工作的基礎，實際工作時根據自己的興趣愛好不斷實踐和學習。