scNT-Seq ||區分新生成的RNAs的單細胞測序技術

單細胞RNA測序提供了整個轉錄組的表達，但常見的scRNAseq不能區分新生成RNA與之前存在的RNA。在這裏，我們介紹了單細胞新轉錄物標記測序（scNT-Seq），壹種用於大規模並行分析同壹細胞中新轉錄和已有RNA的方法。常用的區分新舊RNA可以利用外源性核苷類似物的標記，如4-硫脲(4sU)可以標記新生成的RNA,通過化學轉化方法將4sU轉化為胞嘧啶類似物（C），從而有效地標記具有T-to-C轉化的代謝標記的新轉錄RNA。

scNT-seq是基於高通量和UMI的scRNA-seq方法，結合了代謝RNA標記，液滴微流和化學誘導4sU轉為胞嘧啶類似物來同時測量同壹個細胞內的新老RNA。

scNT-seq主要包括以下步驟：

(1) 4sU對細胞的代謝標記;(2 - 3) 同時封裝單個細胞以及帶有條形碼的oligo(dT)引物包覆珠到壹個納米級液滴裏;(4)在液滴裏進行4sU化學轉換;(5 - 8)反轉錄,cDNA擴增、標記和 PCR;(9)使用壹個基於UMI的統計模型來分析轉錄本T-to-C的替換來推斷新轉錄本的比例。

利用scNT-seq可以分析細胞內RNA的動態變化，基因調節網絡活動，以及細胞狀態的軌跡分析。他們用原代皮層神經元細胞作為用於評價scNT-seq在定量新RNA和老RNA的性能的模型系統。他們發現在老RNA中幾乎沒有隨著時間響應基因活性的表達（c），通過利用SCENIC的分析,他們發現了不同細胞類群不同激活時期特異性表達的TF（d）。

原文： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2019.12.19.882050v2