1、兄妹：這是最早也最普遍的說法。《楚帛書》乙篇說：“粵古雹戲（伏羲），出自雬……曰女咼（女媧），是生子四。”這裏表明伏羲和女媧是兄妹，並且還有四個弟弟。《後漢書·人表考》卷二引《春秋世普》說：“華胥生男子為伏羲，生女子為女媧。”這裏則表明伏羲和女媧是同父異母的兄妹，他們的父親是華胥氏。
2、夫妻：這是後來出現也較為流行的說法。《淮南子·覽冥訓》說：“伏羲、女媧不設法度，而以至德遺於後世。何則至虛無純壹，而不喋苛事也。”這裏表明伏羲和女媧是壹對配偶神，以至德治理天下。《風俗通義·卷壹》引《春秋運鬥樞》說：“伏羲、女媧、神農是三皇也。”這裏則表明伏羲和女媧是夫妻，與神農並列為三皇。