《十三號病院》結局是失去理性的醫生們將整個醫院變成了屠宰場；到處鮮血淋漓，滿目斷肢殘臂，慘絕人寰的哀嚎不絕於耳，凡人的皮肉下爆發出了恐怖獸性，院長也終被發現吊死在自己的辦公室。
《十三號病院》講述了院長的女兒與實習醫生私通，未婚先孕，女兒在生產的手術臺上誕下怪物後離奇死亡，以院長為首的醫生們為了保守秘密維護醫院的形象，將怪物鎖在地下室，並用殘忍的手段殺害了該實習醫生以及知情人員。
然而恐怖的謠言還在繼續，最終看似解脫的結局卻依然逃不出這混沌的結界，醫院裏枉死的惡靈四處遊蕩，找不到也逃不出這黑暗的死亡地獄，只能夜夜重復著恐怖的慘劇的故事。
《十三號病院》人物劇情：
小奚（奚醫生），女主，也是44號患者。遊戲中我們也是以小奚的形象進行遊戲。從劇情中我們得知小奚原本是醫院的醫生，之後出現了幻視幻聽，聲稱自己看到了鬼魂，被診斷為妄想性障礙，於是被送到了輕癥區2011號病房。
肖醫生，另壹位重要角色，他的卡可以說是最雞肋的，從遊戲開頭陪到結尾。與小奚關系很好，小奚被關在病房裏時也試圖幫助小奚逃走。之後被診斷出有人格分裂問題，邏輯敏銳，敏感多疑，受到刺激會分裂出更多人格，會混淆真人和假人。因為需要治療，醫院便將1號置物間改為3013號病房，讓肖醫生住在了裏面。
57號患者，小奚住院後的同房病友，也就是遊戲中那個長發壹直嚇我們的女鬼。偶發性記憶錯亂，彌漫性腦出血，並且腿腳不好。之後上吊而死，小奚受到刺激病情加重。她的死是否為自殺尚且存疑。