1、辦公室：負責局黨政文秘、機要、檔案工作；負責局黨政制度建設；負責局黨政綜合、調研和信息工作；負責與組委會聯絡小組辦公室及組委會各成員單位的日常聯絡；負責局黨政信訪工作；負責局黨政保密工作。
2、綜合計劃部：制訂、調整和平衡辦博總體計劃；綜合分析辦博情況，制訂對策，協調推進；提出世博會組織機構建議方案；負責重大項目的前期評估、審核與立項；平衡總體資金；協調推進科技辦博工作；歸口管理世博局課題研究工作。
3、國際參展部：負責國家、國際組織、城市、企業的招展；協助中國政府總代表工作；牽頭組織參展談判及合同簽訂工作；牽頭聯絡參展方參展服務事項；聯絡國際展覽局。
4、國內參展部：負責國內各省市及港澳臺地區的參展；牽頭組織參展合同簽訂工作；牽頭聯絡參展方參展服務事項。
5、外事辦公室：負責為國際參展與全局各部門提供外事服務；負責世博局外事管理；組織安排局外事來訪及出訪活動；負責各類外事手續的審核與辦理；提供翻譯（口譯與筆譯）服務；協調安排相關國際會議。
6、主題演繹部：組織開展主題演繹研究與策劃；協調活動、論壇、規劃、運營等方面的主題內容；負責指導主辦方場館主題展示工作；負責與參展方進行主題溝通與協調。
7、展館展示部：組織制訂中國館、主題館（含探索館、上海館）等的策展及布展方案；組織實施中國館、主題館（含探索館、上海館）等的布展工作；組織實施中國館、主題館（含探索館、上海館）等的運營管理與撤展。
8、城市最佳實踐區部：負責策劃與制訂城市最佳實踐區展示方案；組織城市最佳實踐區參展主體遴選工作；組織協調城市最佳實踐區規劃及落地、建設、布展等工作；負責城市最佳實踐區運營管理與撤展。
9、總工程師辦公室：負責組織貫徹執行相關建築技術方針、政策、規範、規程、規定和標準，以及組織推廣應用建築新結構、新技術、新工藝、新材料和新機具；指導官方參展者和承包商編制相關《施工（安裝）組織設計》文件，並組織相關文件批準和管理工作；負責組織提供建設材料、設備和建築制品相關技術性能要求和質量標準，並負責相關技術和質量疑問解釋工作；主持技術管理、質量管理、安全管理等工作，負責處理相關技術問題、質量問題、以及質量和安全等事故；負責技術課題的研究、總結和應用，指導技術資料管理工作，以及撰寫技術總結；負責總體施工方案和項目交叉施工的審核。
10、總建築師辦公室：組織並指導世博園區臨時建築和設施設計標準、規範的編制，並督促標準、規範的執行；負責世博園區內各類建築、設施的功能關系及布局的協調；組織對建築相關技術課題研究，協調並控制園區內建築風格和立面、色彩等；組織對園區內整體環境的設計控制，促進公***活動空間、綠化景觀、標誌標識、信息指標等的整體性；協助解答參展方在建築設計等方面的有關技術問題；落實園區控規和參與修編；根據需要，負責向世博會組委會、執委會、國際展覽局的園區總體設計方案匯報稿的起草工作。
11、工程部：負責園區基礎設施、場館及配套設施建設的計劃、組織、協調與管理；負責聯絡協調園區周邊大市政配套設施建設；負責公建配套建設協調。
12、市場開發部：制訂市場開發總體計劃，總體協調市場開發工作；負責合作夥伴和高級贊助商的招商、管理和服務；負責活動、項目的商業化運作；負責特許產品的經營；負責企業招展相關前期工作；負責參展者商業宣傳與表演、樣品及食物派發等商業化活動中與市場開發相關的內容的管理。
13、運營部：負責制訂運營計劃；負責園區商業場地招商與管理；牽頭園區物流、倉儲系統的規劃設計與管理；負責園區標誌、標識系統和環境氛圍規劃、設計、建設與管理；負責園區公***區域運營管理方案的制訂和實施；負責出入口票檢管理；負責世博村及其他賓館的訂房管理；負責管理“參觀者服務中心”。
14、世博局參觀者服務中心（系運營部下屬機構）：負責參觀者服務專項計劃的制訂；提出參觀者服務的配套設施、設備和參觀服務中的信息系統需求；負責組織實施參觀預約服務；負責參觀者服務指南和服務手冊的編寫；負責組織制訂園區導遊標準；負責組織編制、開發園區參觀指南、導遊地圖和園區電子導遊器材；統籌管理參觀者服務相關工作。
15、世博局票務中心：負責制訂票務總體計劃；負責組織門票設計、制作與管理；協助票務管理信息系統建設開發與維護；負責門票營銷與推廣；負責門票銷售管理。
16、安保部：制訂與實施世博會安保工作總體方案和階段性方案；組織對世博會各類信息系統與硬件設施進行安全審核；組織開展世博會安全風險評估，制訂各類突發案（事）件應急處置預案；組織設計、制作、管理各類證照；負責國家安全工作，組織世博會安保服務。
17、新聞宣傳部：制定世博會溝通推介總體計劃及階段性計劃，開展海內外公眾宣傳，實施和管理社會推介活動並管理世博會公***關系事務；承擔上海世博會新聞中心辦公室職能，負責世博會新聞管理和信息發布工作，以及管理世博網和《上海世博》雜誌；負責世博會論壇總體方案策劃、組織和實施工作；負責組織、策劃和開發世博會宣傳品工作；負責世博會視覺識別系統的制訂和執行；負責收集、整理和保存世博會相關新聞資料、圖片和聲像資料；牽頭推進“網上世博”工作。
18、世博網站（系新聞宣傳部下屬機構）：負責世博網總體策劃、內容管理及中文信息采編；協助組織世博網應用系統的開發及維護；負責世博局及世博網郵箱系統管理；負責網上世博會項目。
19、《上海世博》雜誌編輯部（系新聞宣傳部下屬機構）：負責采編出版《上海世博》雜誌，報道2010年上海世博會的籌備與運營情況，發布世博會相關政策、規定、信息等；籌建中國2010年上海世博會圖片庫，拍攝、采集並管理世博會相關的各類圖片資料；協助新聞宣傳部做好世博會籌備過程中相關的出版物和宣傳資料的編輯出版工作；按照世博會整體宣傳推介計劃，配合新聞宣傳部，做好溝通推介工作。
20、活動部：組織策劃開幕式、閉幕式、中國館日，文娛節慶等各類活動；組織世博會吉祥物、口號、歌曲等征集活動；組織協調世博會相關活動與演出的籌備工作。
21、交通管理部：按照總體規劃，提出園區內外道路交通建設和運營的總體方案；制定和協調落實世博會園區內外道路、公***停車、交通樞紐等硬件系統的運營組織方案；制定及協調落實世博會園區內外地面公交系統、水上交通系統、軌道交通系統的組織方案、管理措施、應急方案及實施計劃；參與世博會基礎設施、場館、物流、倉儲、安保、信息化等系統的方案制訂工作，提出交通相關專業意見；參與參展方會談中涉及交通方面的工作，並審核參展方提出的展覽方案中交通部分內容。
22、規劃部：負責詳規修編；負責規劃控制和審批；負責綜合和協調管線規劃；負責編制和提供參展方規劃參數；負責協調參展者相關規劃審批工作；負責園區周邊建築及環境綜合整治的協調指導。
23、世博局參展者服務中心：制訂參展者服務總體計劃與專項方案；組織建立壹門式服務平臺，並組織協調與參展者事務相關的各部門與有關單位為參展者提供服務；牽頭組織落實建設、布展、運營等方面參展者所需的行政服務、公***服務、商業服務。
24、信息化部：負責制訂與實施上海世博會信息化工作總體規劃、建設方案及專項計劃；組織實施世博會信息（通信）系統的總集成；負責指導世博會信息（通信）系統及其各子系統的開發建設與安裝調試，配合對信息（通信）系統工程進行質量控制與驗收；管理世博局信息中心。
25、世博局信息中心（系信息化部下屬機構）：負責世博會信息化總體規劃的設計與協調落實；負責信息系統工程建設項目的招投標、實施與管理；負責網站、場館及局內部信息系統的建設、維護與技術服務。
26、資金財務部：負責統計匯總世博會建設等資金情況；負責世博局資金財務、國資監管等工作；制訂世博會援助基金使用方案、管理援助基金；接收、管理、處置世博會贊助收入；負責世博會捐贈工作；聯絡財稅政策落實工作；組織實施世博會保險工作。
27、人力資源部：負責制訂並管理世博局部門設置、部門職責及人員編制；管理世博局人力資源；負責園區工作人員歸口管理；協助市委組織部做好下屬單位領導班子管理的具體工作。
28、世博局園區誌願者工作部/培訓中心：牽頭制訂世博會園區誌願者工作總體規劃；制訂園區誌願者招募、培訓、管理、宣傳、保障等工作計劃；負責園區誌願者調配、管理、保障等日常工作；配合有關單位開展誌願者相關工作；制訂世博會培訓總體規劃及分類計劃；組織、協調並實施專職辦博人員、執委會單位辦博人員、世博會建設與運營相關單位工作人員、服務供應商、園區誌願者等人員的培訓工作。
29、法律事務部：維護上海世博會標誌權益和世博局權益；協調聯絡各參展方知識產權及其他權益的維護工作；起草、審核世博局法律性文件；提供內部法律咨詢。
30、世博局行政中心：負責世博會行政中心規劃、管理等工作；負責世博會工作人員用餐、交通等後勤保障工作；負責大型會議會務及內外事接待的後勤服務工作；負責局行政經費、設備、辦公用品、VIK實物、公務車輛、公務禮品與紀念品等行政管理工作等。
31、黨群工作部：負責世博局黨的組織、宣傳、統戰、群眾等工作；承擔世博局機關黨委、機關工會工作；負責指導局下屬單位黨群工作。
32、監察審計部：承擔世博局紀檢工作；負責世博局行政監察工作；負責世博局內部審計工作；指導局下屬單位紀檢、監察、審計工作。