但是，作為研究元代歷史的史料來看，《元史》比其他某些正史的史料價值更高：壹是元代的十三朝實錄和《經世大典》已經失傳，其部分內容賴《元史》得以保存下來。二是《元史》的本紀和誌占去全書壹半，而本紀占全書近四分之壹，《文宗紀》竟多達壹年壹卷。有人批評它不合定例，不知芟削。然而這種做法卻起到保存上述失傳史料的作用。列傳部分，由於元代史館的資料就不完備，漢人(特別是文人)常有碑傳可資參考，而壹些蒙古名臣往往無從搜尋，因此立傳有詳於文人，略於蒙古將相大臣的現象。如丞相見於表的有五十九人，而立傳的不及壹半。太祖諸弟、諸子僅各有壹人有傳，太宗以後皇子無壹人立傳。可是就見於列傳的蒙古、色目人而言，其中有壹小半人已沒有別的史料可供參考，後世對這些當時有很大影響的歷史人物的事跡只能通過《元史》才能了解。三是纂修者違反了修史的慣例，沒有刪去儒家學者認為不屑壹提的史實。如有人批評“作佛事則本紀必書，遊皇城人之禮樂誌”。又批評它“列傳則先及釋老，次以方技，皆不合前史遺規”。《元史》中保留或增加了這些內容，正是反映元代壹些重大社會內容的史實。此外如《地理誌》附錄河源、西北地、安南郡縣等項，《祭祀誌》附國俗舊禮，《食貨誌》增創歲賜壹卷，這都是根據元代實際情況保留下來的重要史料。