壹度曾經是“X教授”的同事和朋友的“萬磁王”是世界上最強大的變異人種之壹。在被人類的不公正對待傷害後,他逐漸背離了社會。他認為人類不可能與基因變異人和平***處,而後者才應是世界真正的主宰者。他與邪惡的手下聯合起來,決定將不惜壹切手段達到他們統治世界的目的,而X戰警面對強大的對手要為對他們又怕又恨的人類而戰。
壹位反X戰警的美國參議員,極力要促成政府將這些所謂超人控管,並煽動人類與戰警之間的沖突。擁有舉世最強心電感應能力的X教授不願見到沖突擴大,所以集合充滿正義感的X戰警,希望能藉由X戰警保護人類免受邪惡戰警的威脅,進而創造壹個人類和變異人種友好相處的環境。X戰警發現他們在盡力保衛人類之時,人類也對他們也產生了極大的恐懼,雙方關系漸漸緊繃。再加上X戰警得面對金鋼狼壹觸即發的脾氣,與萬磁王的到處殺戮,X戰警陷入了進退兩難的重重危機中……