弘治年間，明朝在中興之主明孝宗朱祐樘的治理之下，經濟、政治等各方面都得到了恢復和發展。然而在明朝統治較為薄弱的壹些地區，其內部矛盾激烈。弘治十二年（1499年），壹場邊陲叛亂讓明孝宗頭痛不已。
這些叛亂發生在貴州普安州，起源於壹起家族醜聞。普安州當地有壹個苗族土司叫隆暢，他的妻子米魯貌美如花，他還有壹個前妻生的兒子叫隆禮，但隆暢和隆禮關系不好。有壹次，米魯回娘家居住，居然和另外壹個土司阿保通奸。隆暢派隆禮去接回米魯，隆禮也和米魯通奸了。米魯、隆禮、阿保三人也就這樣保持著極度微妙的關系。隆暢知道後大怒，率本寨的士兵攻打阿保的寨子，還殺死了自己的兒子隆禮。米魯聞訊之後，與阿保合力攻打隆暢的寨子，殺死隆暢。後來兩個土司之間的鬥爭越來越大，見事情鬧大了，米魯幹脆扯旗造反，對抗大明朝廷，並逐漸演變成壹場震懾西南的大叛亂， 史稱“米魯之亂” 。
明朝對雲貴地區的統治延續了元朝的土司制度，即土官治土民，朝廷在少數民族地區設立的地方政權，任命當地的土司為世襲的政權領袖。朝廷又制訂相應的制度，加強土司的管理，包括土官的職類、承襲、貢賦和征發等。 明朝推行這種土司制度有其無奈的壹面，這些地區距離朝廷中央很遠，當地土司勢力強大。朝廷如要強力占領這些地區，面臨的困難是： 1.勞師以遠，軍隊駐紮耗損大量的人力物力；2.當地土司反抗，紛爭不止。 這樣壹來，朝廷就陷入泥潭而無法自拔。正因為朝廷無法占據這些地區，才會采取土司制度，由朝廷和當地土司***同統治這些地區，實際上是朝廷對當地土司的妥協。造成的結果是，這些地區的實際統治者是土司，朝廷只是在名義上占據這些地區而已。
米魯之亂剛開始時只不過是米魯、阿保、隆暢之間幾個土司的紛爭，規模並不算大。扯旗造反之後，米魯聯系了很多土司***同起兵，其聲勢越來越大。朝廷希望土司之間相互制衡，卻不希望發生動亂。米魯殺死隆暢後，又率軍圍攻隆暢的妾適烏生的兩個兒子。 面對米魯之亂，時任貴州巡撫並總督軍務的錢鉞壹開始想當和事佬，代表朝廷出面，安撫各個參戰的土司，希望各土司罷兵停戰，但收效不大。
無奈之下，錢鉞、貴州總兵官曹愷、貴州鎮守太監楊友率軍數萬征討米魯。雙方交戰壹年多，本來互有勝負。到了弘治十四年(1502年)七月，米魯率軍攻打平夷衛，貴州都司發兵增援，都指揮使劉福卻接受了米魯的賄賂，故意延緩出兵。結果貴州的援軍在阿馬坡時，中了米魯的埋伏，幾乎全軍覆沒。
而後米魯率軍攻打普安州和安南衛，並使用詐降之計引誘楊友，楊友貪功冒進，中了米魯之計，米魯襲擊了盤江大營，楊友戰敗被擒。 至此，明軍數萬軍隊在兩戰中幾乎全軍覆沒，僅有少量兵馬固守普安州，保普安州不失。 史料記載明朝戰死的將領包括貴州右布政使閭鉦、按察使劉福、都指揮李宗武、郭仁、史韜、李雄、吳達等人。明朝在貴州壹帶的文臣武將，幾乎被壹網打盡，由此可以看出，明朝的損失是非常慘重。
貴州巡撫錢鉞征討米魯失敗後，明孝宗才發現事情到了難以挽回的地步。明孝宗決定換帥，由左副都禦史王軾督貴州軍務，出征米魯。 王軾調集廣西、湖廣、雲南、四川等附近的兵力***八萬人，並起用了已經致仕的大將王通統兵。大軍分分八路進軍，以絕對優勢的兵力強攻米魯，先在盤江攻破米魯的營寨。米魯竄逃後，明軍壹路追擊，解除叛軍對安南衛的圍困。米魯逃回馬尾籠寨，又遭到明軍的圍剿，被明軍所破，米魯被殺。王軾平定米魯之亂總***花了五個月的時間，攻破米魯的土司營寨千余座，斬首四千八百余級，俘獲壹千二百余人。米魯之亂歷經三年時間，最終得以平定。
米魯不過是個女人，在男尊女卑的 社會 裏，居然能夠帶頭發動叛亂，給明朝帶來這麽大的麻煩。這場叛亂的發生表面上是因為壹起狗血的家庭醜聞，實際上反映的是明朝邊陲對少數民族統治的失敗。朝廷為了避免個別土司過於強大，影響到朝廷，壹般會采取兩個措施： 1.利用土司之間的矛盾，扶持不同的土司，以形成制衡；2.在當地建立衛所，屯軍屯田，派世襲軍官坐守邊陲，並推行漢化政策。 這種政策實際上是以世襲軍官對抗土司，以達到同時削弱世襲軍官和土司的目的。然而明朝的土司制度並沒有收到預期的效果，米魯之亂也能說明這點。
起初兩個土寨發生紛爭之時，明朝當地的官員只是坐視不理。米魯起兵叛亂時是聯系當地諸多土司***同起兵的， 這足以表明朝廷在貴州普安州的權威比較有限，不足以震懾當地土司 。或者說，當地土司根本就沒有把明朝朝廷放在眼裏。當米魯叛亂聲勢越來越浩大之時，本來壹些傾向於明朝，不隨米魯叛亂的土司也逐漸背叛明朝。各種史料雖沒有記載米魯究竟有多少兵力，但米魯兩次擊敗明朝大軍，並曾圍攻普安州和安南衛等衛所，足以表明米魯有數萬人。
貴州巡撫錢鉞書生氣十足，在叛亂初始階段的處理方式過於迂腐，使得明朝錯失平定叛亂的最佳時機，導致米魯勢大。 錢鉞壹開始並不想出兵征討，而是希望安撫米魯，他堅信只要朝廷出面，就能讓米魯罷兵。米魯假意接受錢鉞的安撫，卻暗中聯絡其他土司。當錢鉞意識到米魯不會罷兵之時，米魯已經形成大勢。
邊境軍官的腐敗，也是讓米魯坐大的主要原因。 明朝在全國實施的是衛所制度，即在全國***分16個都司，下轄200多個衛所，每個衛所約5600兵力，由五軍都督府管轄。衛所兵力戰時為兵，非戰時為民，進行屯田。到了明朝中後期，五軍都督府管轄的權力逐漸被剝奪，衛所由兵部管轄。進行以文治武，武官地位低下，前程有限。由於管理不善，衛所逐漸糜爛，腐敗現象嚴重，士兵缺乏訓練，軍官卻極力貪腐，衛所也沒有戰鬥力。米魯在起兵之時，曾賄賂貴州都司的將領劉福，劉福故意緩慢進軍，以至於錯失增援良機，使明軍戰敗，最終劉福也作繭自縛，在戰場上被殺死。
明朝成立以來，對邊陲少數民族的治理壹向很頭痛，土司的叛亂此起彼伏，從沒有中斷過。到了明朝中後期，朝廷也意識到土司制度的缺陷，開始派遣官員參與治理地區，這就是改土歸流制度。但明朝的步伐邁得太小，不必真正意義上廢除土司制度，導致廢除土司制度也沒有收到預期的效果。