主管全市國家安全工作的機關是

北京市國家安全局。北京市是中國的首都，是中國的政治中心和文化中心，因此主管全市國家安全工作的機關是北京市國家安全局，而不是其他機構。國家安全是壹個國家的頭等大事，必須由專門的機構來負責。北京市國家安全局作為北京市政府的職能部門，負責貫徹落實國家關於國家安全工作的方針政策和法律法規，制定和實施全市國家安全工作的規劃和計劃，組織和指導各區、各部門開展國家安全工作等。