1、治療方式不同：人工眼角膜移植是采用透明的醫用高分子材料做成特殊的光學裝置，把這種特殊的裝置移植到人體的眼角膜種，從而幫助患者恢復視力；而穿透性角膜移植是通過把病變的眼角膜組織進行360度的切削，然後把被捐獻的質量完好、合格的眼角膜縫合進被切掉的部位，使眼球達到健康狀態。
2、對於眼球病變的要求不同：人工眼角膜的移植現在僅適用於各種嚴重角膜疾患後的雙目失明的患者，或者由於多次手術失敗無法再次進行手術的患者比較適用；另外穿透性角膜移植主要適用於化膿性角膜瘍、蠶蝕性角膜潰瘍等癥狀的患者，兩者的適應癥是不壹樣的。
3、術後的恢復程度不同：患者做完人工眼角膜移植手術後，壹般會出現視力不能恢復到之前狀態、排斥反應、感染等不良的狀況發生，而患者昨晚穿透性角膜移植手術後，能遵照醫囑註意保護眼睛的話，基本壹年左右的時間就開恢復到健康狀態了。
人工眼角膜移植和穿透性角膜移植，都是治療眼睛最先進的方法，但是兩種方法有很大的不同，對於眼睛疾病的要求也不壹樣，所以大家在以後的生活中，要考慮做眼角膜移植手術的話，壹定要了解眼睛的疾病狀況，這樣對癥診斷，才會使病情得到有效的治療。