辦公室
協助館領導組織全館工作，落實有關工作安排和會議安排；進行內外聯系，接待來訪參觀。協助館領導做好財務預算、決算，經費使用及管理工作；經辦各類費用報銷以及工資和酬勞的發放工作。協助館領導做好人事管理工作及臨時工、勤工助學學生的錄用、管理工作。負責印章、介紹信管理，及時辦理文書、報刊、函件的收發事宜。負責全館考勤、考核、專業技術職務申報的具體工作。 協調各業務部門工作，做好各種業務統計，按要求上報有關部門，收集為館領導決策提供依據的信息，有關文件分門別類立卷歸檔。 負責全館的固定資產管理，館舍、家具、水電、設備、設施的清潔及維修工作。 組織落實全館安全保衛和環境美化工作；做好全館業務工作的後勤保障工作。
技術部
由計算機主機房、電子閱覽室、電子參考書制作室組成。主機房負責全館自動化設備的正常運行，各種數據庫的日常維護。電子閱覽室是香港著名人士方潤華先生捐款100 萬元與雲南大學配套款50 萬元於1998年***同建立的，擁有60臺長城 HBC-6266PD 及 40 臺同方超越 /P2 350 ***100 臺電腦的網絡系統。2004年由學校籌資更換為 HP 液晶電腦。電子參考書制作室組成負責全校電子教學參考書的制作。
讀者服務部
讀者服務部分東陸館與洋浦館兩個讀者服務部。其主要職能是館藏印刷型文獻的收藏與管理。包括：文獻的布局、架序的整理與維護、文獻保護與收藏等。館藏圖書的流通工作。包括圖書的借還、館內文獻傳遞、讀者咨詢、讀者輔導等。 館藏文獻閱覽服務。包括：基藏圖書、基藏報刊、特藏文獻的室內閱覽等服務。東陸館采用“借閱分開”的管理與服務模式，洋浦館采用“借閱藏合壹”的管理與服務模式。
信息咨詢部
主要負責學校科技信息檢索。為讀者提供二次文獻的檢索，包括中文文獻和外文文獻。專業涵蓋化學學科、生物學科、物理學科、數學學科等自然科學學科。全校新生關於圖書館利用的培訓。負責全校師生網絡資源和各種中外文數據庫的使用輔導及宣傳。學校重點學科特色數據庫建設。
采編部
根據學校教學和科研的需要，多方位、多渠道收集采訪信息，制定采訪計劃、條例，編制采購預算和決算，選訂中外文圖書、港臺圖書和中外文期刊、電子出版物、中外文數據庫，並及時進行驗收、登錄、加工和財務報帳；同時還開展零購、郵購、接受贈書、文科專款等業務工作。根據文獻著錄條例和機讀目錄格式，及時對各種新購（含交換、受贈）圖書進行分類、編制機讀目錄，同時還要負責圖書的後期加工、新書通報等工作，並經常性的進行書目數據庫的維護和管理，同時承擔館藏書刊回溯建庫工作。 東陸館
周壹至周四，周六、周日早上8:00～晚上22:00
周五 早上8:00～早午12:00
呈貢館
周壹至周四，周六、周日早上8:30～晚上22:30
周五 早上8:30～早午12:30