（壹）辦公室負責文電運轉、機要、檔案管理、安全保密、督查、秘書事務、重要會議組織及接待等日常政務；承擔信息、政務公開、信訪工作；承擔機關財務、資產管理、內部審計工作；負責機關電子政務的組織實施。
（二）政策法規處
組織研究經濟社會發展、改革開放的重大問題；組織起草有關地方性法規和政府規章草案；承擔本委重要規範性文件合法性審核工作；負責聽證、行政復議、應訴與國家賠償工作；組織發展改革系統的普法工作；參與非公經濟發展政策的制定；指導協調招投標工作；督辦人大代表建議和政協委員提案。
（三）發展規劃處
提出國民經濟和社會發展戰略、規劃生產力布局的建議，擬訂國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策；組織擬訂國民經濟和社會中長期發展規劃、主體功能區規劃，並對規劃實施情況進行監測和評估；擬訂推進城鎮化的發展戰略和重大政策措施；統籌協調經濟社會發展專項規劃和區域規劃；參與重大工程的前期工作，參與安排重大項目，負責重大項目與規劃的銜接和協調；負責內資建設項目引進技術設備免稅確認書的審報和辦理工作。
（四）綜合處
監測分析研究宏觀經濟形勢，進行宏觀經濟和社會發展的預測預警；負責經濟運行分析工作；研究總量平衡，提出宏觀調控目標以及綜合運用各種經濟手段和政策的建議；組織擬訂年度國民經濟和社會發展計劃；擬訂並協調重要物資儲備計劃；負責新聞宣傳工作。
（五）宏觀經濟調節處
提出年度重要商品平衡的總量目標和有關政策建議，監測經濟運行態勢並提出有關政策建議；協調解決經濟運行中的重大問題，組織全社會重要物資的緊急調度；參與應對有關重大突發事件，提出安排重要應急物資儲備和動用政府物資儲備的建議。
（六）經濟體制綜合改革處
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題，指導推進和綜合協調經濟體制改革；組織擬訂綜合性經濟體制改革方案；參與研究和銜接有關方面擬訂的專項經濟體制改革方案，協調推進專項經濟體制改革；指導經濟體制改革試點和改革試驗區工作；協調解決經濟體制改革進程中的重大問題。
（七）固定資產投資處
監測分析全社會固定資產投資狀況，擬訂全社會固定資產投資總規模和投資結構的調控目標、政策及措施；起草固定資產投資管理有關地方性法規草案；提出深化投資體制改革和修訂雲南省投資核準目錄的建議；提出省級財政性建設資金的安排計劃建議，平衡安排省級財政性建設資金計劃；負責安排省級機關、城市基礎設施、經濟適用住房和廉租房建設投資計劃；指導固定資產投資項目前期工作，安排前期工作經費；參與金融合作項目的組織、篩選工作，參與投資項目融資方案的擬訂；指導工程咨詢業發展和項目後評價工作；負責省本級預算內投資公益性項目實行代建的組織實施；指導推行公益性項目代建制。
（八）利用外資和境外投資處
綜合分析利用外資和境外投資的狀況，擬訂利用外資和境外投資發展戰略、規劃、政策，協調解決重大問題；編制利用外資和境外投資中長期規劃和年度計劃；協助招商引資工作；負責口岸建設項目的審批。
（九）地區經濟處
組織擬訂區域經濟發展規劃、重點流域綜合治理規劃；參與擬訂土地利用規劃、水資源平衡與節約規劃、生態建設與環境整治規劃；組織實施主體功能區規劃；提出區域經濟發展和國土整治、開發、利用、保護的政策建議；負責擬訂重點流域綜合治理計劃，“老、少、邊、窮”地區經濟開發計劃和以工代賑、易地扶貧計劃；審批或審核重點流域綜合治理規劃項目；組織編制土地利用計劃和基礎測繪計劃，參與協調防震減災工作；負責雲南省“興邊富民工程”領導小組辦公室的具體工作。
（十）西部開發處
組織協調國家西部大開發戰略、規劃和政策的實施；組織擬訂雲南省實施國家西部大開發戰略的規劃；負責退耕還林、退牧還草的綜合協調及鞏固成果年度計劃的編制；提出建立健全生態補償機制的建議並落實有關工作；擬訂促進基本公***服務均等化的政策措施並協調實施；承擔中央支持雲南民族地區發展的有關工作；組織實施西部人才開發工程；負責貧困縣小規模貸款貼息和西部開發稅收優惠有關工作；負責雲南省西部大開發領導小組辦公室的具體工作。
（十壹）農村經濟處
綜合分析農業和農村經濟發展情況，協調農業和農村經濟發展重大問題；提出農村經濟發展的戰略、體制改革及有關政策建議，銜接平衡農業、林業、水利、氣象、畜牧、水產、農墾等發展規劃、計劃和政策；制定農業基本建設投資計劃，安排和下達省預算內基本建設資金，審批和安排農口基礎設施重大建設項目並協調實施。
（十二）基礎產業處
統籌能源、交通運輸發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；負責組織編制綜合交通運輸體系規劃，牽頭建立綜合交通運輸體系協調配合機制；綜合分析能源和交通運輸運行狀況，協調有關重大問題，提出有關政策建議；安排和下達省預算內基本建設資金，按照規定權限審批、核準、審核有關項目。
（十三）產業協調處
綜合分析工業和服務業發展的重大問題，組織擬訂綜合性產業政策，研究提出綜合性政策建議；統籌工業、服務業的發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；協調重大技術裝備推廣應用和重大產業基地建設；會同有關部門擬訂服務業的發展戰略和重大政策，協調服務業發展中的重大問題。
（十四）高技術產業處
負責高新技術產業發展的規劃、指導、協調和服務；綜合分析高新技術產業及產業技術的發展態勢，組織擬訂高新技術產業發展、產業技術進步的戰略、規劃、重大政策和重點發展領域指導目錄；協調促進高新技術產業發展的重大示範項目，申報和協調實施國家高技術產業基地、國家重大產業化示範工程、國家重大產業關鍵***性技術開發、國家工程研究中心、國家工程實驗室和國家級企業技術中心等發展計劃；協調實施省級重大產業關鍵***性技術開發和省級高新技術產業化示範工程計劃；組織推動產業技術創新能力建設和產學研聯合，協調實施省級工程研究中心和工程實驗室建設項目計劃；統籌信息化的發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；推動國民經濟新興產業的形成。
（十五）資源節約和環境保護處（應對氣候變化處、雲南省節能減排工作領導小組辦公室）
綜合分析經濟社會與資源、環境協調發展的重大戰略問題，促進可持續發展；組織擬訂並協調實施能源資源節約、綜合利用和發展循環經濟的規劃和政策措施；研究提出環境保護政策建議，參與編制環境保護規劃，組織擬訂促進環保產業發展和推行清潔生產的規劃和政策；提出資源節約和環境保護相關領域及城鎮汙水、垃圾處理的省財政性貼息資金和補助資金，以及能源資源節約綜合利用、循環經濟和有關領域汙染防治重點項目省財政性貼息、補助投資安排建議；負責節能減排綜合協調和項目申報、資金爭取等工作，負責雲南省節能減排工作領導小組辦公室的具體工作；牽頭擬訂應對氣候變化重大戰略、規劃和重大政策，組織實施有關減緩和適應氣候變化的措施，組織開展應對氣候變化宣傳工作；負責擬訂應對氣候變化能力建設規劃；牽頭組織清潔發展機制項目的初審。
（十六）社會發展處
綜合提出社會發展戰略，組織擬訂和協調社會發展規劃和年度計劃；協調人口和計劃生育、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、旅遊、民政等發展政策；提出深化醫藥衛生體制改革政策、措施的建議；推進社會事業建設；協調社會事業發展和改革的重大問題。
（十七）就業和收入分配處
綜合分析就業與人力資源、收入分配和社會保障的情況，提出促進就業、調整收入分配、完善社會保障與經濟協調發展的戰略和政策建議；推進有關體制改革，協調解決有關重大問題。
（十八）經濟貿易處
監測分析市場狀況，負責重要商品總量平衡和宏觀調控；負責編制重要農產品、工業品和原材料進出口總量計劃並監督執行，根據經濟運行變化提出計劃調整建議；指導監督重要商品的收儲、動用、輪換，會同有關部門管理糧食儲備，會同有關部門管理食用油儲備，會同有關部門管理豬肉儲備，會同有關部門管理食糖儲備，會同有關部門管理化肥儲備，會同有關部門管理成品油儲備等；擬訂現代物流業的發展戰略、規劃及重大政策；協調流通體制改革中的重大問題；負責編制流通設施基本建設計劃，對現代物流業發展中的重大建設項目進行審批、核準和備案。
（十九）財政金融處
研究和分析全社會資金平衡，銜接和協調財政、金融工作；對財政和金融政策的執行情況進行動態分析，提出對策建議；研究提出直接融資的發展戰略和政策建議，參與基本建設專項資金的建立和管理；負責企業債券的發行管理，牽頭推進產業投資基金和創業投資的發展及制度建設。
（二十）重點項目建設處（雲南省人民政府重點建設辦公室）
參與提出前期工作項目計劃及省預算內項目前期工作經費安排計劃；負責建立前期項目儲備庫，落實年度全社會固定資產投資的項目支撐；參與審批和審查省重點前期和重點在建計劃項目的預可研、可研、初設等工作；督促推進重點項目前期工作，協調前期審批中存在的問題；擬訂並組織實施重點建設項目計劃；協調解決重點建設項目實施過程中出現的重大問題；組織重點建設項目的竣工驗收；負責牽頭組織重大項目並聯並行審批聯審會議；參與和協調重點建設項目的招投標工作；負責重點建設項目後評價工作。
（二十壹）經濟合作處
組織擬訂經濟合作發展規劃；擬訂經濟技術合作、產業轉移的政策措施並協調實施；負責雲南省參與經濟合作項目的篩選、推薦工作，提出有關引導性資金的使用建議；負責參與國際區域經濟合作項目的協調指導工作，擬訂參與國際區域經濟合作的中長期規劃和具體政策措施。
（二十二）聯絡處
負責向國家發展和改革委員會及有關部委聯系匯報、項目申報的協調服務、跟蹤落實；負責收集和整理經濟社會發展改革工作信息資料。
（二十三）交通戰備辦公室
組織編制交通戰備規劃、計劃；研究交通戰備與交通建設的關系，協調有關重大問題；組織實施交通戰備有關工作；負責雲南省國防動員委員會交通戰備辦公室的具體工作。
（二十四）國民經濟動員辦公室（雲南省戰區善後恢復建設工作辦公室）
組織擬訂國民經濟動員規劃、計劃；研究國民經濟動員與國民經濟的關系，研究國民經濟動員與國防建設的關系，協調有關重大問題；組織實施國民經濟動員有關工作；協調國民經濟平戰轉換能力建設；負責戰區善後恢復建設工作；管理解決戰區遺留問題項目。
（二十五）重點項目稽察特派員辦公室
組織開展對重點項目的稽察；跟蹤檢查有關行業和州（市）貫徹執行國家投資政策和規定情況；組織開展對省級財政性建設資金投資安排實施情況的監督和檢查；對違規問題，負責按照國家有關規定提出處理意見。
（二十六）民航辦公室
組織研究民航重大課題和發展規劃並提出政策建議，負責機場安全運營、項目建設的指導、協調和監督工作，負責雲南省民航工作領導小組辦公室、雲南省機場應急救援領導小組辦公室和昆明新機場建設聯合協調領導小組辦公室的具體工作。
（二十七）鐵路辦公室
組織研究鐵路重大課題和發展規劃並提出政策建議，負責鐵路安全運營、項目建設的指導、協調和監督工作，負責雲南省鐵路領導小組辦公室的具體工作。
（二十八）人事處
負責機關及直屬單位的機構編制、人事工作；負責幹部培訓教育工作；負責日常外事工作。
機關黨委
負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員辦公室
負責機關和直屬單位的離退休人員工作。