1、會計信息的電磁化使審計線索易於缺失
在電子商務環境下，企業內部的審計線索發生了質的變化，記錄業務的內部原始單據，如領料單等原始憑證變為電磁化的信息，計算機系統根據確認的經濟業務自動編制記賬憑證、登記賬簿、編制報表，實現財會核算的電算化。會計的確認、計量、記錄和報告都集中由計算機程序指令執行，各項處理再沒有直接的人員負責。傳統的審計線索可能完全消失，取而代之的是電磁化的會計信息。電磁化的會計信息，磁盤和磁帶比紙質的憑證、賬簿、報表更易被破壞。如果保管不好，存儲在磁性介質上的會計信息會因介質的破壞而丟失。更危險的是這些信息肉眼無法直接識別，可能被刪改而不留痕跡，有些只是暫存的，如果設計考慮不周，審計時就不能追溯其來源。
2、審計範圍的擴大使審計固有風險加大
審計範圍是指針對特定審計對象所開展的審計實踐活動在空間上所達到的廣度。傳統審計主要是對被審計單位特定時期內的會計報表及其他相關資料及其所反映的經濟活動進行審計。電子商務環境下，除了對傳統審計內容進行審計外，還需要對系統開發以及控制、運行環境等進行審查。在電子商務環境下，電子商務系統特點及其固有的風險決定了審計內容必須包括對網絡信息系統處理和控制功能的審查，以證實其業務處理是否真實、合法及安全可靠。對內部網絡功能與控制的審計包括：硬件系統的審計、軟件系統的審計、人員組織及內部控制系統的審計；對外部網及相關單位的審計包括：審查網上的認證機構、加數字時間戳的機構、網上銀行或電子貨幣發行單位的真實可靠性、加密技術和防火墻技術等網絡安全控制措施的有效性。由於網上經濟交易、資本決策都是在網絡系統各工作站上完成的，因此，在電子商務環境下，審計的側重點從事後審計轉為實時審計，全方位地評價網絡交易的安全性以及財務報告存在的風險要素，從而使審計固有風險加大。
3、電子商務系統的特點使審計風險控制難度增強
由於互聯網系統的分散性、開放性等特點，其安全保密性措施難以完善。計算機信息系統壹方面面臨系統故障的風險，以及對電子商務數據的非法訪問、篡改、泄密和破壞的風險；另壹方面還面臨著被非法入侵和剽竊電子商務數據的風險、計算機病毒和黑客破壞的風險以及網絡化經營管理存在的計算機舞弊問題。此外，若企業電子商務系統的設計存在先天性的功能性缺陷則可能給企業的內部控制制度執行和企業交易信息的處理等許多環節帶來難以克服的弊端。因此，不完善的電子商務系統，以及其所處開放式的網絡平臺，將給會計信息客觀公允地反映企業財務狀況和經營成果帶來負面影響，降低企業內控水平，從而增強審計風險控制的難度。
4、審計人員知識的局限性使審計結論難以準確
審計人員的計算機知識、網絡技術和電子商務知識程度也成為評價檢查風險的考慮因素。在電子商務環境下，由於審計環境、審計線索、安全控制、審計內容和審計技術的改變，對缺乏計算機、網絡技術和電子商務知識的審計人員，會因為審計線索改變而不能識別、審查和評價企業的風險和控制，從而影響實質性測試的效果和審計結論的恰當性。為了準確對被審單位財務報表進行審計，有關審計部門、會計事務所必須擁有大量的既懂電子商務知識，又精通財會知識，法律知識的復合型人才。同時，這些復合型審計人才還須通曉有關審計軟件的開發、維護，計算機的保養等。