《東京殘響》故事講訴的是兩個16歲青年在不炸死人的情況下在東京制造恐怖襲擊。
企圖通過這種讓全國甚至全世界人民都關註的大事件，吸引足夠多的話題和關註，揭不過開多年前日本政府進行的壹個慘烈的實驗，即通過在各個孤兒院挑選優異3—5歲幼童進行超乎常人的智力體力實驗，使其成為優等人類作為工具反抗美國強權。
後來孩子們壹個接壹個死去，實驗失敗了，9和12制作壹場火災成功逃走，卻沒有救另壹個夥伴5，這也導致後面的計劃差點失敗。這是部主角死光的動漫，有點悲壯。不知道自己的姓甚名誰，不知道自己的父母是誰。如果沒有這幾次震驚國內外的“恐怖襲擊”應該也沒人知道他們來過這世上又默默地死去。
那麽這兩個男孩在逃出來後選擇用這種“自殺式”讓世人知道這批人的存在是否有意義？他們已經逃出來了，擁有的智力體力優勢加上慘絕人寰的培訓，他們現在的能力比普通人多了不止壹個等級，完全可以靠自己過上不錯的生活。
《東京殘響》登場角色介紹：
1、九重新
頭腦聰明、常常保持冷靜。與Twelve壹同在東京開始了高中生的生活。然而，其真正的目的還是個謎。
2、久見冬二
擁有孩子般的純真。將Nine視作哥哥般仰慕，與他轉入了同壹所學校。經常與Nine壹起行動。
3、三島理沙
就讀於Nine和Twelve轉入的學校。在班級中被欺負，並且還要承擔著家庭的問題。與Twelve的相遇，開啟了她意想不到的命運。
4、柴崎健次郎
警視廳的刑警。以前隸屬於搜查壹課，不過現在過著作為在文書處工作的窗邊族的日子。與負責處理恐怖事件的搜查壹課課長倉橋是同期。
5、Five
被美國政府與FBI同時派遣的核緊急支援隊（NEST）的原子能科學家。
6、倉橋
刑事部搜查壹課長。為解決斯賓克斯事件，借助了同期的柴崎的力量。