實施安樂死的行為在滿足法定的實體條件的前提下，還必須嚴格按照程序規則來操作。在程序設計上，筆者認為有四個關鍵的內容需要規範，如下所述：
1、病人向法院提出申請
當病人表達了選擇安樂死的意願以後，病人的親屬(無親屬時可由病人的朋友)告知醫院所在地市的法院(即中級人民法院)。法院及時派工作人員到病房或專門場所主持申請的書寫活動。法院必須指定公證機關到場公證。
2、醫師對病人情況作出書面診斷結論
法院立即指定病人目前所在醫院的權威醫師(至少壹名)以及其他醫院的權威醫師(至少兩名)對病人的病情分別獨立的進行診斷，在7天之內作出書面結論。書面結論要有醫師簽字和其所在醫院加蓋公章。
3、達成安樂死實施協議
4、最後實施
在正式實施之前，病人仍然可以隨時撤回申請或授權(協議即無效)，撤回活動按前述程序進行，但醫師非有正當理由不得隨意違反協議。
實施的全過程中，病人的親屬或朋友、法院工作人員、公證人員必須在場，任何壹方中途不得隨意離開。法院有義務確保整個實施過程的正常秩序。病人死亡後，醫生當即在“安樂死實施情況紀要”(為標準格式)中填寫有關內容。公證機關對此情況予以公證，並制作公證書。法院工作人員在監督書上簽字。實施情況紀要、公證書、監督書裝入案卷。最後，上述三方代表***同在“安樂死案卷”封面簽字，至此，該安樂死案件進行完畢。法院將整個案卷密封、存檔。
法律依據：《關於進壹步嚴格依法辦案確保辦理死刑案件質量的意見》
充分認識確保辦理死刑案件質量的重要意義
1．死刑是剝奪犯罪分子生命的最嚴厲的刑罰。中央決定將死刑案件核準權統壹收歸最高人民法院行使，是構建社會主義和諧社會，落實依法治國基本方略，尊重和保障人權的重大舉措，有利於維護社會政治穩定，有利於國家法制統壹，有利於從制度上保證死刑裁判的慎重和公正，對於保障在全社會實現公平和正義，鞏固人民民主專政的政權，全面建設小康社會，具有十分重要的意義。
2．最高人民法院統壹行使死刑案件核準權，對人民法院、人民檢察院、公安機關和司法行政機關的工作提出了新的、更高的要求。辦案質量是人民法院、人民檢察院、公安機關、司法行政機關工作的生命線，死刑案件人命關天，質量問題尤為重要。確保辦理死刑案件質量，是中央這壹重大決策順利實施的關鍵，也是最根本的要求。各級人民法院、人民檢察院、公安機關和司法行政機關必須高度重視，統壹思想，提高認識，將行動統壹到中央決策上來，堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發展觀，牢固樹立社會主義法治理念，依法履行職責，嚴格執行刑法和刑事訴訟法，切實把好死刑案件的事實關、證據關、程序關、適用法律關，使辦理的每壹起死刑案件都經得起歷史的檢驗。