塔拉基在執政期間，國內矛盾錯綜復雜，政府重組不斷。1979年3月，阿明被任命為政府總理，但他不受蘇聯所歡迎。蘇聯企圖聯合塔拉基搞掉阿明，但阿明卻捷足先登發動政變，處死了塔拉基，自己兼任總統。阿明政府執政時期，國內政局動蕩，而且人民黨內部也是互相傾軋。蘇聯認識到，阿明政權不能實現蘇聯在阿富汗的利益，決定實施南下戰略，除掉阿明。
1979年12月27日，蘇聯派遣8萬多人的現代化軍隊，大舉侵入阿富汗，占領了阿富汗首都喀布爾及其他大城市，處死了阿明。之後，蘇聯扶植卡爾邁勒組成了親蘇政權，卡爾邁勒擔任阿富汗人民民主黨總書記、阿富汗革命委員會主席和政府總理等職。蘇聯入侵後，阿富汗人民奮起抵抗。十幾支穆斯林愛國武裝在喀布爾市郊、坎大哈、赫拉特和全國的山區要塞展開了抗蘇鬥爭。1981年，其中的幾個抵抗組織聯合成立了阿富汗聖戰者伊斯蘭聯盟，並開始接受美國、巴基斯坦、沙特阿拉伯和埃及等國的軍事援助，在全國開展抵抗蘇軍入侵的鬥爭。
蘇軍入侵阿富汗，還遭到了世界大多數國家的強烈譴責。1980年1月，聯合國第六屆特別會議通過了《要求外國軍隊無條件和全部撤出阿富汗》的決議。以後歷屆聯全國大會上，蘇聯都遭到各國的強烈譴責，要求蘇軍撤出阿富汗，實現政治解決阿富汗問題。蘇軍的入侵，給阿富汗人民帶來了深重的災難。蘇軍進入後，阿富汗遭到了極大破壞，大約100萬人死於戰火，600萬人被迫逃離家園，淪為難民。
1986年2月，在阿富汗人民的頑強抵抗和世界輿論的強烈譴責下，蘇聯被迫表示，願意政治解決阿富汗問題。5月，納吉布拉代替卡爾邁勒，擔任人民民主黨總書記壹職。12月，納吉布拉被任命為革命委員會主席。第二年，又擔任了總統。1988年，在聯合國秘書長德奎利亞爾的主持下，蘇聯、美國、阿富汗喀布爾政權和巴基斯坦四國外長在日內瓦簽署了政治解決阿富汗問題協議。協議包括四項文件和壹項關於聯合國提供監督的備忘錄，要求巴基斯坦和阿富汗喀布爾政權互不幹涉內政、阿富汗難民自願返回家園，以及由美、蘇提供國際保護。協議還規定，蘇軍從1988年5月15日起，9個月內全部撤出阿富汗。1989年2月15日，蘇軍按照協議規定全部撤出了阿富汗。1991年5月，聯合國提出了阿富汗和平計劃，建議成立多黨政府。1992年4月16日，納吉布拉政權瓦解。28日，穆賈迪迪在喀布爾成立了阿富汗伊斯蘭國臨時政府。