1、法律地位不同：個人獨資企業不具有法人資格，而有限責任公司是法定的民事主體，具有法人資格；
2、投資主體不同：個人獨資企業的投資主體只能是自然人，有限責任公司的投資主體可以是自然人或法人；
3、稅收征繳不同：個人獨資企業只需繳納個人所得稅，而有限責任公司需要繳納企業所得稅；
4、責任承擔不同：個人獨資企業的投資人對企業債務承擔無限責任，有限責任公司的股東則以其認繳的出資額為限承擔有限責任；
5、財務核算要求不同：個人獨資企業只需依法設置會計賬簿，進行會計核算，而有限責任公司則需編制財務會計報告，並經會計師事務所審計。
個人獨資企業與有限責任公司的註冊流程：
1、提交企業名稱預先核準申請；
2、準備並提交企業設立登記所需材料；
3、領取營業執照；
4、刻制企業印章；
5、開設企業銀行基本賬戶；
6、辦理稅務登記證。
綜上所述，個人獨資企業與有限責任公司在法律地位、投資主體、稅收征繳、責任承擔以及財務核算要求等方面存在顯著差異，這些差異體現在個人獨資企業不具有法人資格、僅限自然人投資、只繳納個人所得稅、投資人承擔無限責任以及財務核算相對簡單，而有限責任公司具有法人資格、投資主體更廣泛、需繳納企業所得稅、股東承擔有限責任且財務報告需經審計。
法律依據：
《中華人民***和國公司法》
第五十七條
壹人有限責任公司的設立和組織機構，適用本節規定；本節沒有規定的，適用本章第壹節、第二節的規定。本法所稱壹人有限責任公司，是指只有壹個自然人股東或者壹個法人股東的有限責任公司。