根據上述職責，廣元市城鄉規劃建設和住房保障局設16個內設機構：
（壹）辦公室
負責機關政務協調、文電處理；負責重要綜合性會議的組織協調、新聞宣傳、目標管理、外事、信訪工作；起草機關的重要文稿；組織辦理人大代表建議、政協委員提案；負責管理文書檔案；負責管理機關固定資產；負責機關並指導直屬事業單位的維穩和安全保衛、機要和保密工作；按規定指導城鄉建設檔案工作。
（二）政策法規科
組織擬訂城鄉建設和住房行業的重大經濟技術政策和各項改革方案；組織政策調研，負責城鄉建設和住房法規的清理、匯編工作；負責城鄉建設和住房系統規範性文件的起草、審查和報批工作；指導城鄉建設和住房系統行政執法、行政執法監督檢查、行政復議、行政訴訟和法律服務工作；指導城鄉建設住房系統的法制建設、宣傳教育和直屬企事業單位的改革工作。
（三）城鄉規劃科
研究起草全市城鄉建設和住房發展戰略以及城鄉規劃的方針、政策；負責全市城市規劃實施、管理及監督指導；負責城鎮體系規劃、城市總體規劃、詳細規劃和開發區規劃的綜合協調、審查和報批工作；負責中心城區建設項目的選址定點；指導全市城市空間合理開發和利用；參與土地利用總體規劃的審查；負責城鄉規劃設計單位資質認證工作；指導全市城市規劃、專業規劃、城市勘察；承擔對歷史文化名城(鎮)相關審查的報批和保護監督，負責對城市規劃區內建設活動的實施管理；負責市級規劃行政直接管理範圍內的 “壹書三證”的標準核發；負責規劃執法監督的業務指導；承擔廣元市城鄉規劃委員會的具體工作。
（四）城市建設科
指導城市基礎設施建設、城市管理和市政、公用、環衛事業的發展；擬訂全市城市建設和市政公用事業的發展戰略、中長期規劃、產業政策；參與城市總體規劃的審查和市政、公用、環衛專業規劃編制工作；負責城市道路、橋梁、燃氣、城市防洪設施、城市雕塑工程建設的管理工作；指導城市綜合開發、環境綜合整治、城建執法監察；負責對市政工程企業資質、市政工程監理和市政工程設計資質提出初步審查意見；參與市政工程建設項目的初步設計審查和竣工驗收工作。
（五）建築管理科
負責全市建築行業管理；擬訂建築業的發展規劃和產業政策；指導建築企業體制改革工作；擬訂規範建築市場和施工現場的管理制度並監督執行；負責建設工程報建、施工許可、建築業技術進步、有形建築市場的監督管理工作；牽頭抓好建築施工質量安全監督管理；負責建築施工企業、建築制品企業、裝飾裝修企業、電梯安裝、塔機拆裝企業的監督管理；負責散裝水泥的推廣使用和監督檢查；對外地建築企業入廣從事建築活動進行驗證、備案管理；參與全市監理工程師執業資格的管理；指導建築市場執法監察工作；指導和組織協調建築企業參與市外工程承包和勞務合作。負責建築業從業人員執業資格的考核、申報、註冊和管理工作；負責對從業人員進行安全生產教育、考核工作，指導建設行業安全生產工作；指導建築業企業用工人員簽訂勞動合同，規範用工行為，依法支付勞動工資；承擔廣元市政府非經營性投資項目代建領導小組的具體工作。
（六）村鎮建設科
指導全市村鎮建設工作；擬訂村鎮建設的發展戰略和政策並監督實施；指導和管理全市鄉鎮和村莊的規劃、建設工作；指導農村住房建設、質量管理、危房改造以及農房產權產籍管理工作；指導農村建築工匠培訓和管理；提出進城定居農民的住房政策建議；指導農村公用設施建設和小城鎮、村莊人居環境的改善工作；承擔歷史文化名鎮（村）的審核報批、保護和監督管理有關工作；組織村鎮建設試點工作，指導全市重點鎮的建設，指導大型基礎設施建設涉及移民搬遷安置規劃和建設管理工作。
（七）風景名勝科
負責風景名勝區的保護、規劃、建設和管理；指導城市規劃區和風景名勝區的生物多樣性保護工作；負責風景名勝區、世界、國家自然遺產的審查報批工作；負責世界、國家自然遺產、世界自然與文化遺產保護地的保護、監測和管理；負責風景名勝區重要建設項目規劃和近期建設詳細規劃的審查報批。
（八）住房改革和保障科（廣元市保障性住房領導小組辦公室）
擬訂全市住房政策措施並組織實施；指導全市住房建設和住房制度改革；會同相關部門做好全市保障性住房資金安排並監督實施；組織編制全市保障性（廉租房、經濟適用房）住房建設規劃、住房保障發展規劃和年度計劃並監督實施；研究擬訂全市城鎮住房制度改革政策、方案以及國家公務員、事業單位人員住房標準，並督促相關部門實施；研究擬訂棚戶區改造的相關政策規定，承擔棚戶區改造項目的協調指導、監督檢查等職責。會同有關部門擬訂全市住房公積金政策並督促相關部門組織實施；會同相關部門監督全市住房公積金和其他住房資金的管理、使用和安全。承擔廣元市保障性住房領導小組、廣元市住房公積金領導小組的具體工作。
（九）勘察設計與科學技術科（建築物抗震辦公室）
擬訂勘察設計咨詢業發展規劃、產業及技術政策；擬訂規範勘察設計咨詢市場各方主體行為的制度規定並監督實施；管理勘察設計市場；組織市屬及以上國有投資工程（房屋及市政項目）的初步設計審查；指導城市地下空間的開發利用；負責指導全市城鄉建設和住房的防震減災工作；組織擬訂行業科技發展規劃、技術政策；編制行業重點科技發展項目計劃和技術引進計劃並組織實施；組織科研項目的研究開發、技術改造項目和技術引進項目的論證；管理行業科技成果和技術市場；指導科技成果轉化推廣工作；指導新型建築材料、產品的研制開發和“四新”成果的推廣應用以及建設科技信息管理；指導城鎮減排；負責墻體材料革新和建築節能管理工作；組織實施國家建設規範、標準和組織編制地方標準。
（十）招投標與定額管理科
負責組織實施工程建設實施階段的國家和省標準、全國統壹定額和行業標準定額；擬訂工程建設標準定額和工程造價管理制度；負責管理全市工程建設材料、設備預算價格，發布工程造價信息；會同有關部門審查國家、省、市投資工程的造價；負責全市工程造價咨詢機構的資質管理；參與造價工程師執業資格和概預算人員資格管理工作；參與制定與《招標投標法》相配套的規範性文件；負責建設行業招投標活動管理和行政執法監督。
（十壹）房地產市場監管科
擬訂全市房地產市場監督管理和穩定住房價格的政策、措施並監督執行；研究擬訂住宅建設與房地產業的中長期規劃、科技發展戰略、產業政策和政策規定；指導全市城鎮土地使用權有償轉讓和開發利用工作；指導規範房地產市場；組織擬訂全市城鎮住宅建設、房地產開發、國有土地上房屋征收和補償、房地產交易、房屋產權產籍和商品房面積管理、房地產中介、物業管理、房屋安全鑒定、白蟻防治等工作的規章制度並監督實施；負責市政府規定範圍內的房屋產權確權登記發證；組織建設並管理全市房屋權屬信息系統。
（十二）測繪管理科
負責全市測繪行業管理；貫徹執行國家有關測繪工作的方針政策和法律、法規，並監督檢查執行情況；負責測繪法制有關行政復議工作；組織編制本行政區域的基礎測繪規劃；負責對測繪資質單位使用國家規定的測繪基準、系統和技術規範、標準進行監督檢查；負責測繪資質證書的初審和報批工作；監督測繪工程項目的招投標；負責測繪任務的驗證、備案；依法對地圖編制、出版、展示、登載等工作實施監督管理；負責測繪成果的質量監督；負責測繪標誌的管理工作。
（十三）工程技術管理科
貫徹執行國家城市建設有關法律、法規、政策，綜合協調相關技術問題；組織政府投資項目的可行性研究、規劃方案及初步設計審核工作，負責設計合同、施工合同的審查，對工程技術、工程成本進行審核把關；掌握在建項目的工程進度,組織處理工程項目建設中出現的疑難技術問題;負責對基礎設施建設施工圖審查、優化、銜接及設計變更的審查。
（十四）行政審批科
承辦有關行政審批事項。
（十五）財務科
組織擬訂全市城鄉建設和住房事業（行業）的發展戰略、中長期規劃和年度計劃；組織編制行業技術引進規劃、利用外資計劃及其他相關計劃；綜合管理專項資金的分配使用，檢查指導城市維護費的合理使用；負責機關財務工作，指導監督機關和直屬單位的財務工作；管理和監督機關和直屬單位的國有資產；負責城鄉建設住房系統統計、信息工作；綜合協調城鄉建設住房系統相關行政事業性收費立項、報批。
（十六）人事科
負責機關和直屬單位的機構編制和人事管理、勞動工資等工作；組織指導行業職工培訓、技能鑒定和專業技術人員的繼續教育，指導行業執業資格人員管理；負責城鄉建設和住房系統專業技術職稱評定和直屬單位的專業技術職務的聘任工作；負責離退休人員服務管理工作。
監察室。為市監察局的派出機構，牌子掛在紀檢組，負責派駐部門的行政監察職責。