壹、能人治村暴露的主要有三方面的問題：
1、能人權力過度集中。
在目前我國推行村民自治的體制下，壹方面，國家行政權力從村莊的公***權力中退出;另壹方面，村民由於缺乏資源，在形成自己的態度時往往受到能人力量的裹脅，壹般會被動或主動依附於村莊能人，導致能人在村落中形成絕對權威。造成的後果就是絕對權威必然會帶來絕對腐敗。
2、村民的民主熱情會受到壓制，對村務參與度降低。
在強勢能人當政的村莊，村民的生活水平和經濟條件雖然能得到改善，但是，村民民主參與的熱情會逐漸喪失，知情權、參與權得不到保障。
3、治理不規範。
能人治村是壹個非規範的治理過程，村裏公***事業等項目的確定，往往由著能人個人的興趣而來，壹些項目決策和實施容易違背廣大村民的意願，導致矛盾逐漸加深，幹群關系緊張。隨著社會的發展，能人個人才能和素質的有限性與經濟社會進壹步發展要求的矛盾會日益突出。最終傷害的不僅是無辜的村民，還有政府的公信力。
二、克服能人治村的弊端，需要好制度。
能人治村出現的問題，反映出當前村民自治組織權力運行過程缺乏必要的制約，尤其在對公***事務建設與公***資源配置方面，當前的村務監督還不到位甚至缺位。
當前需要以法治思維看待當前能人治村現象。廣大農村既需要好支書，也需要好制度，要靠制度選能人，靠制度約束能人。“壹個權力配置失當且無足夠監督約束的村級組織，實際上是壹個大醬缸或者說是絞肉機，這邊進去的是壹個青年，那邊出來的會是壹個腐敗村幹部。”
鄧小平同誌曾精辟地論述過制度的極端重要性，“制度好可以使壞人無法任意橫行，制度不好可以使好人無法做好事，甚至走向反面。”從制度上解決問題，是帶有穩定性、長期性、全局性和根本性的治本之策。新修訂施行的村民委員會組織法已明確把建立“村務監督委員會”列入法律，當務之急是，要在村級組織中，建立能夠對能人權力真正起到監督制衡的村務監督機構，並且，通過構建“法治—遵守”模式，改變當前村級治理存在的無視法律、有法不依和執法不嚴的現象，只有重視遵守法律和制度規則，才能發揮能人治村正向效用。”