壹系列的問號，觀眾追劇猶如宋銘局長所說的走迷宮，嘗試著壹條條岔道，發現走不通就返回到上壹個岔路口，再走下壹條路，即便下次走的這條路還不對，但排除了壹個錯誤選項。比如劇中壹開始在跟蹤陳燦，引出劉寶強，在賈長安的葬禮上苗煥陽對突然造訪的徐鶴非常恐懼，然後程雷反映鼎華檔案室的門沒關，接著由於壹串無效代碼引發醫療事故，鼎華公司危機四伏。這讓吳渺、喻浩然、楊迅和龐壹山被觀眾懷疑。隨著喬西川準備利用有赫爾末斯背景的聯合制造公司來註資鼎華的談判進程到最終的談判破裂，馬尚覺得這不正常，對手突然變蠢了，為什麽費了這麽大周折要布下壹個昏局呢？下面就來梳理壹下可疑人物，進而解答懸疑，找出真兇和幕後操縱者。
女兒付夢瑤被綁架了，這讓精明的付大勇去鋌而走險，打算按照電話裏要求的去走私礦石。當馬駿海的配合下，付大勇被抓捕。
宋局和杜猛對其展開審訊，付大勇壹開始只說壹些江湖話，宋局警告付大勇現在不是他當年在虞山搶礦的時候了，杜猛向其曉以利害，表示只有積極配合、付夢瑤生還的概率才大壹些。付大勇這才說出了他女兒出國留學和走私礦石這事是楊迅在牽線搭橋。
郝子軒通過技術手段，發現付夢瑤根本沒有出境，在前往機場的路上就被綁架了，人是離開雙清後，在濱海市壹處監控盲區消失的。後來付夢瑤被安靜和馬尚在濱海市壹處下水道裏成功解救，發現這個地方是因為犯罪嫌疑人的鞋底粘有下水道裏的淤泥。
付大勇出貨礦石當天，楊迅還清了利用報銷之便貪汙鼎華的兩百萬公款。由於證據確鑿，還有偽造礦石開采的批文，楊迅被批捕。可是在指認喬西川是否是綁架付夢瑤和走私礦石的策劃者時，楊迅認不出喬西川就是何平。倒是國安人員通過天眼系統比對楊迅跟何平的見面視頻與喬西川出入鼎華的視頻，發現何平很可能是個假身份，與之前的徐鶴壹樣。因為天眼系統除了面部特征識別，還能進行步態計算。
楊迅潛伏在鼎華工作五年了，提供情報信息的同時也適當做壹些掩護，但這個人貪財好色、不堪大用。倒是程雷利用辭職後的楊迅在鼎華公司門口鬧事，對馬尚的身份產生了懷疑。當時酒醉的楊迅將苗露推倒在地，程雷和馬尚都故意示弱來隱藏各自身手，寧願被打。
特別是程雷，躺在地面密切註視馬尚的壹舉壹動。
自從周戀被蝙蝠殺死，喬西川就準備報復蝙蝠。喬西川曾經化妝成乞丐，在路邊往蝙蝠的車上安裝了跟蹤器，後來被蝙蝠發現，在傑弗裏的解釋下，蝙蝠又把跟蹤器歸位。其實蝙蝠和喬西川曾經在同壹個組織接受過培訓。
喬西川寄給付大勇的那個手機上，貼上了蝙蝠的指紋。後來喬西川毀壞過的硬盤能夠復原很多關鍵信息，感覺他是有意在向國安人員留下壹些信息，目的要麽是復仇，要麽是混淆視聽。
蝙蝠則覺得喬西川跟鼎華的談判很賣力，但是已經暴露了，請示過傑弗裏之後，蝙蝠要除掉喬西川。於是他藏在餐車裏通過酒店服務員進入房間，準備將喬西川吊死。早就盯著蝙蝠的國安人員踹門進屋，蝙蝠已經逃離，只看到喬西川“上吊自殺”的場景。
喬西川被救下，房間裏找到拐杖、假發、各種塗料藥水和變聲器。說明喬西川善於偽裝並且有很強的組織策劃和反偵察能力。喬西川就是徐鶴，也是何平，更是十年前樊德偉撞死安靜父親的策劃者。
周戀死亡現場，杜猛發現有 汽車 被盜竊，從失竊車輛上發現的毛發樣本不是喬西川的。周戀臨死發出的“228”，手機九宮格輸入法的壹種意思就是蝙蝠，所以蝙蝠成為重點懷疑對象。杜猛曾經在蝙蝠離開後，進去他居住的酒店房間查看，從衛生間取得毛發樣本，但是蝙蝠突然折回房間，令杜猛從陽臺掉落，受傷。杜猛取得的毛發樣本，證明蝙蝠就是殺害周戀的兇手。
蝙蝠當時能夠令周戀恐懼失措、慌不擇路，是使用了這種灌有藥液的細針，這在前幾集中有伏筆。
蝙蝠被抓獲，是日後在丹和市舉辦的 科技 博覽會上。傑弗裏讓蝙蝠去刺殺鄒教授，在安保異常嚴格的場所，蝙蝠此次行動失敗，被王佐生擒。知道自己也淪為壹枚棄子之後，蝙蝠供出了參與此次行動的另壹名殺手，但是他竟然不知道“沈睡者”是誰。可見沈睡者的潛伏很隱蔽。
在抓捕程雷的過程中，由於有人質苗露，安靜跟程雷展開激烈搏擊，但是由於體力不支，安靜被程雷踩在腳下。
杜猛及時趕到、舉槍示警，卻不慎被程雷將手槍擊落，同時程雷用袖口藏著的手刺朝杜猛胸口連刺三刀，杜猛肺部被刺穿。雖然馬尚和老六等人隨後趕到，但是杜猛在搶救中犧牲了。
大結局中，“暴風眼”專案組成員和市局骨幹人員都來到杜猛的墓碑前進行悼念，其實秦楓廳長的兒子在邊境的反恐部隊犧牲時與杜猛犧牲時同歲。只有勝利完成任務，犧牲才有意義，才能告慰犧牲的戰友，為此安靜和馬尚都做了必要的心態調整，才有資格重新參與行動。
程雷這個人物不簡單，往往第壹個發現問題的人不容被忽視，鼎華檔案室的門沒關，就是程雷主動抖落出來的情況。盜取密鑰的時候，使用熒光粉，密碼裝置輸入密碼的次數很有限，說明這很可能就是知道密碼的人在作案。細心的觀眾早就發現，在片尾演員表中，程雷排第三，僅次於安靜和馬尚。這不正常，因為前期劇情中，程雷的戲份並不多，他為什麽排的這麽靠前呢？
其實片頭中也類似，主演王驍的名字在代斯和劉芮麟之前。這不禁會令觀眾展開遐想，王驍《三生三世》中飾演的司命，《巡回檢察官》中飾演的沈廣順，《流金歲月》中的楊柯都給觀眾留下深刻印象，意思就是王驍老師的咖位在那裏放著，而且在《暴風眼》中飾演的這個程雷在演員表中的位置又是這麽引人註目，程雷在劇中的分量壹定是舉足輕重的。他是潛伏最深“沈睡者”的不二人選。
程雷是沈睡者、真正被發現，還需等到馬尚從鼎華辭職之後。馬尚辭職時提出采用片段化的方式審核人工合成技術的數據，得到林總批準。這讓程雷很惱火，覺得馬尚臨走還擺了他壹道。因為喻浩然出事後，程雷雖然已經是鄒教授助理了，但是馬尚提出的這項數據審核舉措，讓他無法接近核心技術了。
隨後在丹和市舉辦的 科技 博覽會上， 鼎華和鄒教授受邀展示DS材料人工合成技術，國安方面讓 隨行人員故意不安排程雷。程雷就跟苗露單獨前往，苗露是為了見證父親創業的成果，程雷則是將計就計。
喬西川終於蘇醒過來，他覺得自己有原則，只圖財不害命。安靜和馬尚心中清楚、 要想消除犯罪嫌疑人的抗拒心理，首先就要推翻他對自己的固有認知。安靜將樊德偉害死她父親，樊德偉女兒被移植不能匹配的幹細胞，周戀被殺等命案講給喬西川聽，指出他的計劃害死了很多人，而且其背後的赫爾末斯把他的計劃執行歪了。比如喬西川只想著將車撞停，事實上安靜爸爸卻被撞死了，樊德偉女兒也死了，死前還承受了痛苦的排異反應。特別是周戀，壹個為錢賣命的女人，在臨死前還想著他。
喬西川對周戀心中是有愧的，他說周戀多次想跟他壹起撤出，但是他說做了這最後壹筆生意再走。其實這話喬西川自己都不相信，他父母是生意人，在經濟危機中破產了，當時才十多歲的喬西川無法繼續在貴族學校上學了，這時有人勸他進入壹個地下組織。接受了五年訓練後，喬西川十多歲就開始了雇傭間諜的生活。這個地下組織很隱蔽，三個月換壹次地方，喬西川對此知之甚少。這與蝙蝠的口供壹致。
想想自己這麽多年的行徑，再看看目前的處境，喬西川接受逆用了。
連傑弗裏也只是赫爾末斯集團的壹名馬前卒。由於事先接受了巨額的酬金，如今得不到關鍵數據的傑弗裏，與程雷的處境好不到哪裏去。在家中被人用槍指著腦袋責罵他沒有完成任務之後，傑弗裏不敢在家中居住了。趁此機會國安人員監測到傑弗裏的信號，就讓喬西川冒充傑弗裏的上線給他打電話。喬西川雖然只聽到過壹次傑弗裏跟上線的交談，但是喬西川對聲音的模仿很拿手。通過這次冒充通話，傑弗裏在巨大的壓力下，有意前往中國親自向沈睡者要回數據。
程雷也成了驚弓之鳥，輕易不會相信任何人，他要求傑弗裏親自找他取回數據。於是傑弗裏化妝成船員下了船，還給程雷發送了密碼郵件。在喬西川的破譯下，國安人員監控了程雷的行蹤。程雷自制並攜帶著爆炸物往人流密集的地方跟傑弗裏見面，為了保證人民生命安全，國安人員有意放棄此次抓捕，先把程雷引走到人員稀少的地方。正在這時監聽到傑弗裏跟程雷的通話，說五分鐘就到，這說明傑弗裏已經很近了。
喬西川再次冒險模仿了傑弗裏的聲音，將程雷引開。不巧的是，喬西川話語剛落，真正的傑弗裏也給程雷電話，程雷不耐煩地問了壹句“又怎麽了”讓傑弗裏意識到情況有詐，就立刻掛斷電話逃離。
發現暴露後，安靜帶人對程雷實施抓捕，用電棍將其電暈。程雷落網後，承認賈長安是他殺的。至於為什麽賈長安的車恰好停在了監控盲區，這只是壹個巧合，程雷說如果不是這樣，他還需要去處理負責監控的保安。
眼看著傑弗裏要逃之夭夭，馬尚“暴風眼”的技能體現出來了，他先聽過壹個聲音判斷出傑弗裏在地鐵站，然後利用地鐵站人流的方向與遇到突發事情特立獨行的個人行走方向的逆向，從螞蟻壹般的人群中發現了傑弗裏的蹤跡。
最終傑弗裏被安靜追蹤到地鐵上，傑弗裏落網。
雖然蝙蝠、利德、程雷、喬西川、傑弗裏等人都落網了，但這只是國安人員取得的階段性勝利，要搗毀背後的赫爾末斯集團，還需要再接再厲，國家安全這跟弦不能松。比如程雷供述自己的父母死於上世紀八十年代的壹場空難，他不知道自己的年齡，也不清楚自己的國籍，只是盜用了出國留學卻出車禍身亡的程雷這個中國人的身份，由於身高相貌類似，他稍加整容就用程雷的身份潛入鼎華了。
沈睡者說他可以交代幕後主使，但奢望跟國安人員談條件。秦廳笑了，工作就是這樣、壹場勝利能換來的，有可能是下壹個更艱巨的任務。