(壹)協助編制港航發展規劃和港口、航道、航道等專項規劃及規範性文件，並承擔相關行政協助的組織實施。
(二)承擔港航行業統計分析和信用管理的行政協助工作。承擔港航行業發展的研究、指導和標準化工作。
(三)承擔水運工程建設項目(陸島交通除外)的行政輔助工作和行業監管。
(四)承擔運輸船舶、海上設施和海洋產品的法定檢驗及其監督管理的行政協助。
(五)承擔港口管理行業監管、港口疏浚、港口設施安全履約、港口經營許可和港口岸線使用許可備案管理等行政輔助工作。指導全市港口引航工作。
(六)承擔全市水路運輸行業管理的行政協助工作。承擔水路運輸經營許可備案管理的行政協助工作。
(七)承擔航道保護、養護和管理的行政協助工作。承擔通航條件影響評估和通航(過船)建築物技術審核的行政協助工作。協助航道和船閘運行管理的行政協助工作。
(八)承擔港航行業發展的行政協助工作，承擔智慧港航建設的具體工作。協助推動行業生態環保和綠色發展。
(九)承擔港航安全生產和應急管理的行政協助工作。承擔危險貨物港口建設項目安全技術審核的行政協助工作。協助做好重點物資、應急客貨和交通戰備水路運輸的行政輔助工作。
(十)承擔渡口安全管理的行政輔助工作。
(十壹)完成市委、市政府和上級機關交辦的其他工作。
臺州港航發展中心設有以下內設機構:
(1)辦公廳。負責中心日常運行，承擔文秘、會務、保密、檔案、接待、目標考核、政務督查、行政協助等工作，牽頭辦理提案。組織起草綜合性材料、重要文件報告和規範性文件。負責信息和宣傳。率先進行信息公開。負責衛生、財產和後勤保障。負責中心同級辦公設施、設備、房產、車輛、船只的使用、維護和管理。
(2)人事部門。承擔幹部人事、勞動工資、人員培訓考核、文明創建、外事、計生、信訪、雙擁等工作。負責離退休幹部的管理和服務。
(3)港口及航運發展辦公室。協助研究港航發展戰略、港航政策法規。協助港航行政審批、行業信用管理、規範性文件審查等行政輔助工作。協助行業普法。協助政務和公共服務標準化工作。
(4)安全部門。承擔港航行業綜合安全、應急管理、安全綜合治理等行政輔助工作。參與事故的調查和處理。負責協調重點物資運輸保障、搶險救災、應急客貨運輸。負責中心的24小時值班和緊急事件處理的行政協助。
(5)財務部。負責港航系統預算、決算的編制和預算的下達。承擔中央級財務工作，指導下屬單位。承擔港航系統的內部審核和績效評估。牽頭管理港航系統國有資產的登記、轉讓、出租和報廢工作。協助管理港口經營費用。
(6)球道。協助編制航道規劃。承擔航道建設、保護和養護管理的行政輔助工作。承擔航道專項養護工程規劃和實施管理的行政協助工作。協助日常養護管理的行政輔助工作，開展航道技術考核。承擔通航條件影響評估和通航建築物技術審核的行政協助工作。協助航道和船閘運行管理的行政協助工作。
(7)工程部(臺州航道工程質量安全監督站)。協助編制港口規劃、水路交通發展規劃等專項規劃。協助港口建設項目的前期和投資規劃(除陸地島交通碼頭)。承擔危險貨物港口建設項目安全條件和安全設施技術審查的行政協助工作。承擔港口建設項目(陸島交通碼頭除外)和港口岸線使用許可備案及建設行業監管的行政輔助工作。承擔水運建設工程質量安全生產監管的行政輔助工作(陸域島交通碼頭除外)。承擔系統內碼頭、倉庫、堆場等資產的購置、建設和日常管理。聯系交通準備工作。
(8)口岸辦公室。承擔港口管理行業監管和港口疏浚的行政輔助工作。承擔港口運行監控和運行分析的行政輔助工作。承擔港口設施保安性能的行政協助工作。帶頭做好港口汙染防治、綠色發展、節能減排工作。協助指導全市港口的引航服務。
(9)航運部。承擔水路運輸行業管理的行政輔助工作。負責水路運輸運行監控和運行分析的行政協助。協助運輸重點物資、應急客貨和軍用水。協助推進水運結構調整相關工作。
(10)船舶檢驗辦公室。承擔法定檢驗中的交通運輸、監督管理等行政輔助工作。承擔全市船舶檢驗機構和人員資質管理及船舶檢驗服務機構相關管理的行政協助工作。承擔船舶和海洋產品的技術審查和檢驗。協助推動船舶標準化等技術進步。
(十壹)科技信息辦公室。承擔港航信息化和數據資源管理工作。承擔智慧港航建設、推廣和應用的具體工作。負責港口和航運系統網絡的安全運行。負責計算機及相關設備的采購、管理和日常維護。負責港航科技項目的立項和申報。領導港航系統標準化建設。負責政府采購的審核和網上流轉。
(12)工業服務部。承擔市委、市政府委托的國有港口企業管理的行政協助工作。協助長三角港航物流發展和港口經濟壹體化。負責港航行業綜合統計和運行分析。
臺州市渡口安全管理處。負責宣傳有關渡口安全管理的法律、法規和政策。督促檢查縣(市、區)全面落實渡口安全管理責任，協調相關渡口安全管理事宜。參與渡口安全事故的調查處理。
機關黨委。負責中心及下屬事業單位黨建和群團工作。