1、它們制作的機關是不相同的。房產證的監制機關為住房和城鄉建設局，而房屋產權登記證的監制機關是國土資源局；
2、權證編號不同。房產證在發放的時候包括兩個不同的編號，分別是房屋的所有權證號和建房註冊號；而房屋產權登記證包括不動產權編號和證書編號；
3、標註產權信息不同。
4、壹個是登記證明，壹個是擁有權證明。房產證才是真正代表房屋所有權的。
產權證怎麽辦理
產權證辦理流程如下：
1、買賣雙方在房屋買賣合同簽訂後的30天內攜帶材料到房地產管理部門申請辦理產權證；
2、房地產管理部門審核材料；
3、房地產管理部門核實成交價格，對房屋進行現場評估；
4、買賣雙方當事人交納稅費；
5、領取產權證。
法律依據：《中華人民***和國城市房地產管理法》第六十條
國家實行土地使用權和房屋所有權登記發證制度。
第六十壹條
以出讓或者劃撥方式取得土地使用權，應當向縣級以上地方人民政府土地管理部門申請登記，經縣級以上地方人民政府土地管理部門核實，由同級人民政府頒發土地使用權證書。
在依法取得的房地產開發用地上建成房屋的，應當憑土地使用權證書向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請登記，由縣級以上地方人民政府房產管理部門核實並頒發房屋所有權證書。
房地產轉讓或者變更時，應當向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請房產變更登記，並憑變更後的房屋所有權證書向同級人民政府土地管理部門申請土地使用權變更登記，經同級人民政府土地管理部門核實，由同級人民政府更換或者更改土地使用權證書。
法律另有規定的，依照有關法律的規定辦理。