上海臺風研究所實行理事會領導下的所長負責制。理事會的主要職責是對上海臺風研究所的發展方向、長遠規劃、重大項目以及成果轉化等重大問題做出決策。
理事長:湯緒
副理事長:郭亞曦 端義宏
其他成員:陳聯壽 孫 洪 羅雲峰 壽子琪 任 健 薛根元 詹豐興
林新彬 李春虎 胡 雯 吳誌根 劉明惠 所長：雷小途
畢業於中國氣象科學研究院，博士、研究員。主要從事臺風理論及預報技術、臺風災害評估、副熱帶季風及氣候影響（災害）評估等研究工作。主持或參與過多項國家科技部公益性研究專項、基礎性工作專項、國家自然基金課題、上海市科委科技攻關及中國氣象局新技術推廣等國家、省部級項目。
黨支部書記：陳元球
1971年參加工作，函授中央黨校的行政管理專業，大本學歷。長期在基層臺站和事業單位擔任氣象測報和行政管理工作。任中國氣象局上海臺風研究所黨支部書記。
副所長：余暉
畢業於南京信息工程大學大氣科學系，博士、研究員。主要從事熱帶氣旋動力學理論和預報技術研究工作。主持或作為主要研究人員參加的課題計十余項，包括國家自然科學基金項目、國家科技部社會公益項目、國家“九·五”重中之重攻關項目、國家“八·五”攻關成果推廣應用項目等。
副所長：王曉峰
畢業於中國氣象科學研究院，碩士、副研究員。主要從事數值預報業務工作。主持多項國家級項目，參加多項國家科技部公益性研究專項、國家自然科學基金項目等研究和業務工作。