截至2014年5月，上海海洋大學有1個國家工程技術研究中心、1個國家大學科技園、2個教育部重點實驗室，2個農業部重點實驗室、2個上海工程技術研究中心、3個上海高校重點實驗室、1個上海高校工程研究中心、1個上海高校協同創新中心、1個上海高校知識服務平臺、1個上海高校水產養殖E-研究院和1個上海社會調查研究中心等。
學校建有國家水生動物病原庫、團頭魴遺傳育種中心、魚類營養與環境生態研究中心、中國漁業發展戰略研究中心、淡水水產品加工技術研發分中心（上海）、冷庫及制冷設備質量監督檢驗檢測中心、大洋漁業資源環境觀測試驗站、遠洋漁業培訓中心等農業部中心平臺。學校建有國際海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遙感及漁業信息研究中心、淡水魚加工利用研究室等壹批國際合作平臺和極地海洋適應生物與生態聯合實驗室、海洋經濟研究中心等壹批省部級***建科研平臺，建有獲得CNAS和CMA資質認定的船舶壓載水實驗室，洋山港海洋生態系統野外科學觀測站、海洋測繪應用工程技術中心、食品安全研究中心等壹批校級科研平臺。學校建有上海海洋大學海洋科學研究院，下設數字海洋研究所、海洋藥物系統及神經科學研究所、海洋藥物與健康食品研究所、海洋政策與法律研究所，海洋漁業遙感GIS技術實驗室、海洋生態系統與環境實驗室、中美海洋遙感及漁業信息研究中心、海洋文化研究中心等研究機構。學校建有外國語言研究所、中國魚文化研究所、鯨館、水生生物科技館，擁有國內外聞名的魚類研究室、標本室。
國家工程技術研究中心
國家遠洋漁業工程技術研究中心。
國家大學科技園
上海海洋國家大學科技園。
教育部重點實驗室
水產種質資源創新與利用教育部重點實驗室、大洋漁業資源可持續開發教育部重點實驗室。
農業部重點實驗室
淡水水產種質資源與利用實驗室、水產品貯藏保鮮質量安全風險評估實驗室。
上海高校重點實驗室
大洋生物資源開發與利用實驗室、水產品加工及貯藏實驗室、海洋動物系統分類與進化實驗室。
上海高校工程研究中心
水域環境生態工程研究中心。
上海高校協同創新中心
遠洋漁業協同創新中心。 館藏資源 截至2014年5月，上海海洋大學圖書館有紙質圖書約122萬冊，電子圖書約70萬冊，數據庫30余個，館藏資源突出學校的海洋、水產、食品特色。 學術期刊 《上海海洋大學學報》（原《上海水產大學學報》）是由上海市教委主管、上海海洋大學主辦，以水產科學技術為主的綜合性學術期刊。《上海海洋大學學報》作為文獻源被《化學文獻》（CA）、俄羅斯《文摘雜誌》（AJ,VINITI）、日本《CBST 科學技術文獻速報》、《日本科學技術振興機構中國文獻數據庫》、《水科學和漁業文摘》（ASFA）、《中國科學引文數據庫（CSCD）》、《中國生物學文摘》、《中國水產文摘》等眾多國內外檢索期刊收錄。《上海海洋大學學報》被北京大學圖書館定為“中文核心期刊”、被中國科學院文獻情報中心定為“中國科學引文數據庫來源期刊”、被中國科學技術信息研究所定為“中國科技核心期刊”。2006年，《上海海洋大學學報》榮獲教育部科學技術司頒發的“首屆中國高校優秀期刊獎”，2013年獲得教育部科技發展中心頒發的2012年度“中國科技論文在線優秀期刊”二等獎。
《水產學報》是由中國科協主管、中國水產學會主辦、上海海洋大學承辦的以反映我國水產科學技術成果為主的學術類核心期刊（中國科學引文數據庫CSCD核心庫和中國科學技術信息研究所核心庫）。《水產學報》已加入了中文期刊全文數據庫、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國生物學文獻數據庫、清華大學（光盤版）電子刊物數據庫、萬方數據網絡中心 。《水產學報》作為文獻源被美國《化學文摘》（CA,Chemical Abstracts）、俄羅斯《文摘雜誌》（AJ,VINITI）、英國《農業與生物科學研究中心文摘》（CAB Abstracts）、英國《全球健康》（Global Health）、美國《劍橋科學文摘》CSA（NS）、《日本科學技術振興機構中國文獻數據庫》（JST）、英國《動物學記錄》（ZR，Zoological Record）、美國《烏利希期刊指南》（UPD，Ulrich's Periodicals Directory）、《水科學和漁業文摘》（ASFA）、《中國科學引文索引》、《中國學術期刊文摘（中、英文版）》、《中國生物學文摘》、《中國水產文摘》等眾多國內外檢索期刊收錄。《水產學報》 為2002-2009年，2011年“百種中國傑出學術期刊”；2008年及2011年科技部“中國精品期刊”；2009年，2012年“華東地區優秀期刊”；2006年-2008年獲中國科協“精品期刊工程項目（C類）”資助；2009-2011年獲中國科協“精品期刊工程項目（B類）”資助；2012-2013年獲中國科協“期刊學術質量提升項目”資助。2012年被評為“中國國際影響力優秀學術期刊”和RCCSE“中國權威學術期刊”。