1、制備工藝：mRNA疫苗是將細菌、病毒等病原微生物及其代謝產物的DNA經轉基因方式轉錄為mRNA，在體外進行相關修飾，又稱核酸疫苗，是第三代疫苗工藝；滅活疫苗是使用經人工化學或物理等方法滅活病原微生物制成的疫苗，又稱死疫苗，是第壹代疫苗工藝。
2、作用原理：mRNA疫苗將病原微生物RNA在體外進行相關修飾，再傳遞到機體細胞內表達，使機體產生蛋白抗原，從而使機體產生針對該抗原的免疫應答，增強機體對此類病原微生物的免疫能力；滅活疫苗中的病原微生物在機體內失去繁殖能力，不會致病，但可以刺激機體產生特異抗體或致敏T淋巴細胞，從而產生免疫能力。
3、效果評價：mRNA疫苗在生理條件下不穩定，易降解，制備工藝較復雜，有效率相對較高，新冠mRNA疫苗目前已經在WHO授權下獲批使用。滅活疫苗安全、易於保存、副作用較小，可以制成聯合疫苗，如傷寒和副傷寒甲、乙混合的三聯疫苗。
人體免疫系統針對入侵的病源體有幾條防線，跟疫苗有關的有兩條：體液免疫和細胞免疫。
體液免疫指的是大家比較熟悉的抗體免疫。人體發現了病原體入侵之後，B 細胞會產生針對它的抗體。新冠病毒的表面有S蛋白、N蛋白等幾種蛋白，它們暴露在外面的部分就是抗原，能夠刺激產生抗體，其中最重要的抗體針對的是S蛋 白跟受體結合的那壹小部分。如果新冠病毒表面的S蛋白跟人體細胞表面的受體 結合，病毒就能夠入侵細胞。受體相當於壹把鎖， S蛋白相當於壹把鑰匙，S蛋白跟受體結合的部分相當於這把鑰匙的頭。如果B細胞產生的是針對這壹部分的 抗體，跟它結合就相當於橡皮泥把鑰匙頭粘住，鎖就打不開了。這種抗體可以防止病毒進入細胞，叫做中和抗體。針對S蛋白其他部分產生的抗體，以及針對其他蛋白產生的抗體，並不是都沒用，它們跟病毒結合雖然沒法阻止病毒進入細胞， 但相當於給病毒做了標記，免疫細胞可以過來把病毒殺了。所以它們也有用，只不過效率比較低，用處不是那麽大，我們關心的主要還是中和抗體。
在中和抗體方面，滅活疫苗不管是量還是質，都遠不如信使RNA疫苗。滅活疫苗的制造很簡單：培養病毒，然後殺死病毒，就成了滅活疫苗，所以滅活疫苗含有完整的病毒。滅活疫苗含有的病毒表面的東西都能夠產生抗體，這樣壹來B 細胞就會產生很多種針對它的抗體，其中只有很小的壹部分剛好碰巧是針對S蛋 白跟受體結合部分的中和抗體。信使RNA疫苗只是編碼S蛋白，病毒的其他部分都不要。S蛋白的信使RNA進入細胞以後，利用細胞的生產機器生產S蛋白。B細胞只 是針對S蛋白產生抗體，中和抗體的量就要多得多。
兩種疫苗產生的中和抗體在質的方面也存在很大的不同。滅活疫苗含有死病毒，病毒被殺死以後蛋白質的結構有可能發生變化，那麽針對S蛋白產生的中 抗體在碰到活病毒的時候，就不壹定能結合得很好，質就沒那麽高。信使RNA疫苗是模仿病毒入侵人體細胞，現場生產S蛋白，結構沒有被破壞，跟病毒的S蛋白很像，這樣產生的中和抗體在跟活病毒的S蛋白結合時就可以結合得很緊，所以信使RNA疫苗在質上就要高出滅活疫苗許多。因此，在體液免疫方面，信使RNA疫苗要比滅活疫苗好得多。
抗體只能消滅細胞之外的病毒，而對於已經入侵細胞的病毒，它就無能為力了，而是要靠細胞免疫。細胞免疫指的是T細胞免疫。T細胞有很多種，跟抗原產 生的免疫有關的主要有兩種。壹種叫做CD4的 T細胞，也叫做輔助T細胞，它的作用 是，在發現病原體後，分泌細胞因子，調控其他免疫細胞來消滅病原體，其中與 消滅病毒有關的，是誘導B細胞產生抗體和CD8 T細胞殺病毒。CD8 T細胞也叫做 胞毒T細胞，它能釋放細胞毒素，讓那些已經被病毒入侵的細胞死亡，這樣病毒也就跟著死去了。
免疫反應的產生和幹擾素有很大關系。病毒入侵細胞，大量復制後，會刺激細胞生產幹擾素，幹擾素除了能抑制病毒復制，還能召喚免疫細胞來消滅病毒。滅活疫苗是死病毒，不能入侵細胞，也就沒法刺激細胞產生幹擾素。為了能讓滅活疫苗產生免疫反應，需要添加氫氧化鋁之類的成分作為佐劑，但是這類佐劑只能夠刺激B細胞產生抗體，也許還能夠刺激產生壹些CD4 T細胞，不能刺激產生 CD8 T細胞。信使RNA疫苗模擬的是病毒入侵細胞、復制的過程，能刺激產生CD8 T細胞，而殺已入侵細胞的病毒靠的就是CD8 T細胞。所以在細胞免疫方面，信使RNA疫苗也要比滅活疫苗好得多。
可見，不管是體液免疫，還是細胞免疫，滅活疫苗都是沒法跟信使RNA疫苗相比的。如果看到有研究認為這兩者是壹樣的，預防感染或預防重癥的效果壹樣好，是不可信的。