本屆杯賽連續第三年由日本公司東芝冠名。2013年中甲球隊在第二輪加入足協杯比賽。2013年中超球隊（除亞冠參賽球隊外）在第三輪加入足協杯比賽。亞冠參賽球隊在聯賽第四輪加入足協杯比賽。
2013年中國足協杯的業余球隊***8支，來自國內3個全國性業余聯賽組織，他們是2012年中國足球協會業余聯賽的冠軍蘇州錦富新材足球俱樂部、亞軍青島鯤鵬足球俱樂部先楚國際隊、季軍沈陽河畔足球俱樂部和第5名大連銀行龍卷風足球隊，2012年亞足聯中國展望城市聯賽冠軍杯前三名的武漢宏興足球俱樂部、膠州風發足球俱樂部安基電力隊和淄博三通教育星期天（淄博星期天足球俱樂部）隊，2011-2012年中國大學生足球聯賽亞軍同濟大學足球隊。