藍鯨擁有哺乳動物中最大的生殖器官。
雖然藍鯨的陰莖與體長相比是適度的，但是它仍然是所有動物中最大的生殖器官，它平均的長度是1.8—3米，周長是45厘米。
據測試，藍鯨每次射精的精液量達到20升，約重70千克。
鯨魚的陰莖是非常有用的。在赫爾曼·梅爾維爾寫的《白鯨記》這本書裏，記述了如何將鯨魚陰莖的皮做成壹個垂到地板的防水圍裙，目的是為了在取死鯨魚內臟時防止弄臟自己的衣服。 像其他的動物壹樣，鯨魚的陰莖裏有陰莖骨。這些陰莖骨，連同海象和北極熊的陰莖骨，被愛斯基摩人用來作為雪橇上的滑行裝置或當棍棒用。
哺乳動物的陰莖骨(在拉丁語中是“小棒”的意思)也有其他的用處，例如可以制作成領帶別針、咖啡攪拌器或愛情紀念品。這些骨可以制作成各種各樣的形狀——它們可能是骨中間形狀變化最多的骨——它們在確定哺乳動物種屬之間關系時也是有用的。在靈長類動物中，只有人和蜘蛛猴沒有陰莖骨。
體態特征：
雌大於雄，南藍鯨大於北藍鯨。上面觀，吻寬而平。背鰭小，高約0.4m，位體後1/4處。鰭肢較小，其長占體長的15%。尾鰭寬為體長的1/3至1/4，後緣直線形。蜇溝55～88條，最長者達於臍。每側須板270～395枚。體背深蒼灰藍，腹面稍淡，口部和須黑色。
藍鯨和其他種類的鯨不同，其他種類顯得矮壯，而藍鯨則身體長椎狀，看起來像被拉長。頭平呈U型，從上嘴唇到背部氣孔有明顯的脊型突起，嘴巴前端鯨須板密集，大約300個鯨須板(大概1米長)懸於上顎，深入口中約半米。60-90個凹槽(稱為腹褶)沿喉部平行於身體。這些皺褶用於大量吞食後排出海水(參見“捕食”壹節)。
藍鯨背鰭小，只有在下潛過程中短暫可見。背鰭的形狀因個體而不同;有些僅有壹個剛好可見的隆起，而其他的鰭則非常醒目，為鐮型。背鰭大概位於身體長度的四分之三處。當要浮出水面呼吸時，藍鯨將肩部和氣孔區域升出水面，升出水面的程度比其他的大型鯨類(如鰭鯨和鯧鯨)要大得多。這經常可作為識別海洋物種的有用線索。 當呼吸時，如果風平浪靜，藍鯨噴出的壹道壯觀的垂直水柱(可達12米，壹般為9米)在幾千米外都可以看到。藍鯨的肺容量為5,000升。
藍鯨的鰭肢長3-4米。上方為灰色，窄邊白色。下方全白。頭部和尾鰭壹般為灰色。但是背部，有時還有鰭肢通常是雜色的。雜色的程度因個體而有明顯不同。有些可能全身都是灰色，而其他的則是深藍，灰色和黑色相當程度的混合在壹起。
藍鯨和其他鯨交互時沖刺速度可達50km/h(30mph)，但通常的遊速為20km/h(12mph)。當進食時，速度降到5km/h(3 mph)。北大西洋和北太平洋的藍鯨當下潛時會擡起他們的尾鰭，其他的大部分藍鯨則不會。