壹、概念上的區別
計算機病毒（Computer Virus）是編制者在計算機程序中插入的破壞計算機功能或者數據的代碼，能影響計算機使用，能自我復制的壹組計算機指令或者程序代碼。
木馬，全稱是“特洛伊木馬”，英文為Trojan Horse，來源於古希臘神話《荷馬史詩》中的故事《木馬屠城記》。而現在所謂的特洛伊木馬正是指那些表面上是有用的軟件、實際目的卻是危害計算機安全並導致嚴重破壞的計算機程序。
二、性質上的區別
計算機病毒具有傳播性、隱蔽性、感染性、潛伏性、可激發性、表現性或破壞性。計算機病毒的生命周期：開發期→傳染期→潛伏期→發作期→發現期→消化期→消亡期。
木馬是具有欺騙性的文件 ，是壹種基於遠程控制的黑客工具，具有隱蔽性和非授權性的特點。
三，危害上的區別
病毒可以被設計為通過損壞程序、刪除文件或重新格式化硬盤來損壞計算機。而有些病毒不損壞計算機，而只是復制自身，並通過顯示文本、視頻和音頻消息表明它們的存在，但即使是這些“良性”病毒也會給計算機用戶帶來問題，比如會占據計算機內存。
特洛伊木馬不具傳染性，它並不能像病毒那樣復制自身，也並不"刻意"地去感染其他文件，它主要通過將自身偽裝起來，吸引用戶下載執行。
特洛伊木馬中包含能夠在觸發時導致數據丟失甚至被竊的惡意代碼，要使特洛伊木馬傳播，必須在計算機上有效地啟用這些程序，例如打開電子郵件附件或者將木馬捆綁在軟件中放到網絡吸引人下載執行等。
現在的木馬壹般主要以竊取用戶相關信息為主要目的，相對病毒而言，我們可以簡單地說，病毒破壞妳的信息，而木馬竊取妳的信息。
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