本條例所稱農業是指種植業、林業、畜牧業和漁業等產業，包括與其直接相關的產前、產中、產後服務。第三條 閩臺農業合作應當遵循優勢互補、互利***贏、全面合作、***同發展的原則。
從事閩臺農業合作活動，應當遵守有關法律、法規。第四條 從事閩臺農業合作的臺灣同胞，與本省居民享有同等的投資待遇，享受同等的優惠政策和優質服務。第五條 省人民政府應當將閩臺農業合作納入本省國民經濟和社會發展規劃，制定促進閩臺農業合作的政策措施。
省人民政府應當發揮海峽兩岸農業合作試驗區、現代林業合作實驗區的窗口、示範和輻射作用，促進對臺農業資金、技術、良種、設備等生產要素的引進與合作。第六條 縣級以上地方人民政府主管閩臺農業合作工作的部門負責本行政區域內閩臺農業合作的組織、協調和服務工作。
縣級以上地方人民政府其他有關部門根據各自職責，負責閩臺農業合作的相關工作。第二章 合作與交流第七條 地方各級人民政府應當根據當地實際情況，采取有效措施，促進閩臺農業合作與交流。第八條 鼓勵從事下列閩臺農業合作項目：
（壹）農業綜合開發；
（二）良種引進、繁育、試驗、示範和推廣；
（三）特色農產品生產經營；
（四）農業高新技術；
（五）農產品精深加工業；
（六）新型農用工業；
（七）農產品物流業；
（八）休閑農業；
（九）國家和本省鼓勵的其他項目。
從事前款規定合作項目的，享受國家和本省相應的扶持政策。第九條 臺灣同胞可以代理閩臺農業合作招商業務，開展閩臺農業合作項目的策劃，參與舉辦農業經貿活動。第十條 從事閩臺農業合作的臺灣同胞，可以依法發起或者參加農民專業合作經濟組織。第十壹條 臺灣同胞可以在市、縣（區）工商行政主管部門直接登記申請設立個體工商戶，依法從事閩臺農業合作活動。第十二條 鼓勵企業、教學科研機構和個人開展閩臺農業合作與交流。
鼓勵臺灣同胞在本省從事農業科研、教學、培訓、咨詢等活動。
臺灣同胞可以單獨或者與企業、教學科研機構等組織合資、合作在本省設立農業科技研發、推廣機構。
臺灣同胞可以依托其所在的企業、教學科研機構作為項目負責人，申請農業科研項目。
鼓勵本省科技人員、經營管理人員和教學人員赴臺開展農業合作與交流活動。第十三條 鼓勵引進和推廣適宜本省的臺灣農業新品種、新技術、新農藥、新肥料和新機具，設立臺灣農業技術、新產品推廣中心。第十四條 鼓勵開展閩臺農業勞務合作與交流，有關部門應當提供相應的勞務培訓服務和經費支持。第十五條 鼓勵臺灣同胞開展閩臺農業合作與交流的信息服務。
鼓勵本省單位和個人建設閩臺農業合作與交流的信息服務網站。第十六條 鼓勵開展閩臺農業知識產權領域的合作與交流，依法保護知識產權。第三章 服務與保障第十七條 地方各級人民政府及其有關部門應當加強閩臺農業合作的服務工作，改善投資環境，提高辦事效率，嚴格依法辦事，切實保障臺灣同胞和閩臺農業合作企業的合法權益。第十八條 省人民政府設立閩臺農業合作專項資金，市、縣（區）人民政府根據需要設立閩臺農業合作專項資金。閩臺農業合作專項資金列入同級財政預算。
閩臺農業合作專項資金用於閩臺農業合作重點項目建設、交流平臺建設、科技研發與推廣、人員培訓與交流活動等。第十九條 經國務院有關部門或者省人民政府批準，縣級以上地方人民政府可以設立臺灣農民創業園和閩臺現代農業合作示範區。
縣級以上地方人民政府對臺灣農民創業園和閩臺現代農業合作示範區的基礎設施建設、重點農業高新技術項目給予資金支持。
對臺灣農民創業園的用地規模和布局，縣級以上地方人民政府在土地利用總體規劃中予以統籌安排；對臺灣農民創業園內符合條件且已核準的閩臺農業合作項目，在依法、節約、高效的前提下，優先協調用地。第二十條 閩臺農業合作企業可以申報農業產業化龍頭企業和品牌農業企業，經認定後享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策。
閩臺農業合作企業可以申報無公害農產品、綠色食品和有機食品標誌使用權，經法定認證機構認證後，享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策。
閩臺農業合作企業可以申報中國馳名商標、中國名牌產品、中國名牌農產品、福建省著名商標、福建省名牌產品等，經認定後享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策。