企業先用掃描儀掃描輸入專用發票，掃描後將待認證發票的數據文件導入硬盤上的壹個文件夾中(導入文件的格式為RZ00100+企業稅號+時間，可創建文件夾:例如D:\網上認證\掃描儀掃描\認證月份，認證月份為08、09、65438。
企業重新進入電子報稅系統→進項發票管理→專用進項發票讀取→抵扣憑證導入→點擊“讀取rz00100(掃描軟件提供)”，在硬盤路徑中選擇需要認證的文件→點擊“保存”。
(2)適用於沒有掃描儀采集系統的企業。
進項發票必須逐個手工輸入。具體步驟如下:
先進入電子報稅系統→基礎數據管理→產品和勞務數據→根據進項發票的商品明細進行添加。
→常用供應商信息→根據發票上的供應商添加。
→輸入發票管理→防偽稅控輸入專用發票管理→添加→輸入各種發票欄目信息(包括84位密文)。
→導出待認證的進項專用發票→選擇進項日期→選擇待認證的進項發票→點擊“編寫網上認證文件”→選擇文件需要保存的位置→確認保存→然後系統會導出壹個後綴為“dat格式”的文件。
第四步:通過電子報稅系統導出加密的待認證輸入數據。
進項發票管理→導出待認證的專用進項發票數據→在錄入日期選擇欄中選擇期間、月份、月份的日期範圍→點擊寫入網上認證文件→保存到位置。(最好保存在指定的文件夾中，在D盤上創建壹個文件夾進行存儲，例如D: \寫網上認證文件的月份，月份為08，09，10，11，12)。
第五步:進入國稅網上稅務網站。
使用專線的企業必須先撥號碼才能上網。通過專線登錄後，進入中山國稅電子辦稅大廳，先打開www.gdzs-n-tax.gov.cn，點擊網上辦稅，在登錄窗口輸入用戶名和密碼(註意用戶名是企業稅號，初始密碼是123456)，點擊發票認證，在左側網上認證窗口點擊網上認證，然後選擇上壹步需要網上認證的單據的路徑位置。
註:網上認證的文件格式為RZ00100+企業稅號+日期+其他+。dat，而且有些企業在這裏經常出錯。
第六步:查詢分局是否有認證結果，每月查詢進項認證的發票數據和結果通知單。
上傳文件後，壹個小時左右就能得到企業的認證結果，不過認證的最後兩天會慢壹些。登錄網上稅務系統，在認證查詢壹欄下:在認證發票查詢中選擇正確的納稅期月份，然後按月查詢認證發票的數據。您也可以在下面查詢未認證發票。
第七步:企業下載當月認證結果文件，導入電子報稅系統。
企業登錄網上稅務系統，在認證下載壹欄，首先要選擇所屬月份和認證生成的文件格式101，然後點擊下載，最好保存在D盤指定的文件夾中(比如可以在D盤:\ month of certification result建立壹個文件夾，月份可以是08，09，65438。
步驟8:打印認證結果通知文件。
在認證結果通知文件中，選擇納稅期的月份，點擊下載，保存在與認證結果文件相同的位置，最後打印出來，包括認證的進項發票清單。最後，根據稅務局的要求，向認證發票清單提交認證結果通知。