根據石河子大學所擁有的農、醫、工、經、管、文、理、法、教、史十個學科的設置和專業特點,在保證重點、照顧壹般的原則下,圖書館訂購的書刊基本滿足全校教學和科研的需要。石河子大學圖書館擁有中外文書刊300多萬冊,年訂閱中外文期刊3000多種,報紙180種。先後購買了萬方、維普、CNKI、Springer LINK、SDOS等中外文電子圖書、期刊數據庫等數字資源40余種,建立了新疆棉花植物保護數據庫、石河子大學學位論文數據庫。與國內1000多家單位建立了數據交換關系;博物館裏有許多珍貴的文獻,如《四庫全書》、《傳世藏書》和中國古籍。
石河子大學圖書館特藏部成立於2011年3月,由原兵團資料圖書館和古籍圖書館合並而成,增加了中亞文獻和珍貴文獻資源。特藏部按照學校“立足兵團、服務新疆、面向全國、輻射中亞”的定位,在服務學校科研的同時,把保存和傳承地方文獻的歷史使命作為自己的責任和義務。特藏部自成立以來,在新疆兵團文獻、新疆邊防文獻、中亞文獻和古籍的收集、整理、開發、利用和保護等方面做了大量的基礎性工作,並將收藏特色定位為“以兵團文獻和中亞文獻為主,古籍和善本文獻為輔”。