簡單來說，國務院的組成部門是“國務院”，直屬機構是國務院管理的行政部門。國務院(中央政府)為司級單位的，組成部門為部門，直屬機構為其下屬單位。
通俗壹點:組成部門是壹個單位，直屬機構不是壹個單位。
擴展數據？
部門和直屬機構的區別在於行政主體。
在我國行政法領域，行政主體是指享有行政職權，以自己的名義行使行政權力，獨立承擔責任的組織。
行政主體具有以下三個特征:
1.行政主體是享有國家行政權力，實施行政活動的組織。這是行政主體與其他國家機關和組織的區別。
2.行政主體是能夠以自己的名義行使行政權力的組織。這是行政主體與行政機關的內設機構和受行政機關委托執行壹定行政任務的組織的區別。
3.行政主體是能夠獨立承擔因其行為而產生的法律責任的組織。這是行政主體獨立法律人格的具體體現，也是組織成為行政主體的必要條件。
在我國，行政主體包括國家行政機關和法律法規授權的組織。
參考來源:百度百科:行政主體